Godina je 2415., 400 godina je prošlo otkad je smrtonosni virus polovicu čovječanstva zbrisao s lica Zemlje. Preživjeli prebivaju u Bragni, utvrđenom gradu okruženom zidom kako bi zaštitio zdrave od virusom zaraženog ostatka planeta. Æon Flux (Charlize Theron) je tajanstvena žena ubojica koja radi za skupinu odmetnika koja se kreće kroz gradsko podzemlje, a predvodi je Handler (Frances McDormand). Æonin novi zadatak je usmrtiti Trevora Goodchilda (Marton Csokas), člana vijeća koje upravlja gradom. Međutim, kada Æoninu mlađu sestru ubiju vladini agenti, ona zanemaruje naredbe te odlučuje zaštititi Trevora jer pretpostavlja da mu brat Oren (Jonny Lee Miller) namješta igru. Handler doznaje da se Æon oglušila o naredbe te naređuje da je se kao neposlušnu eliminira. Æon riskira sve što ima, ali u bijegu otkriva mnoge tajne i odgovore na pitanja o vlastitoj, nepoznatoj joj prošlosti, kao i o pravoj istini o pozadini grada Bragna.