Lõvi Alex, sebra Marty, kaelkirjak Melman ja jõehobu Gloria on ikka veel Madagaskaril, kuid vahepealse aja jooksul on sündinud sedavõrd hullumeelne plaan, et see võib isegi toimida. Nimelt on suutnud ettevõtlikud pingviinid seada töökorda vana lennukivraki ning nüüd kavatsevad sõbrad sellega tagasi koju lennata. Paraku püsib sõiduk õhus ainult natuke aega, millele järgneb hädamaandumine Aafrika südames. Seal kohtavad nad esmakordselt elus liigikaaslasi ning tutvuvad oma juurtega.
Ace Ventura (Jim Carrey) ei suutnud päästa mägedes ühe pesukaru elu ja elab sellest traagilisest sündmusest saadik ühes Tiibeti kloostris. Kuid pärast pikemat veenmist on ta (munkade suureks rõõmuks) nõus sealt lahkuma, et leida ühe Aafrika suguharu püha loom, takistamaks sõda kahe suguharu vahel. Kahjuks aga unustati talle mainida, et selleks loomaks on nahkhiir. Loomasõber Ace Ventura armastab kõigi selle planeedi elukaid... peale nahkhiirte.