توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانه‌ای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شب‌ها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگی‌اش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانه‌ای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد. مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند، یک سرزمین بایر و ویران، جایی که ذهن اکثر انسان‌ها توسط گونه‌ای از ماشین‌ها، در ماتریکس اسیر شده است. اکنون نئو باید بعنوان یک شورشی در دنیای ماشین‌ها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند، ابر برنامه‌های قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام شورش انسانی را سرکوب کنند.
لس‌آنجلس. گروهی تروریست اداره‌ی مرکزی جدیدالتأسیس یک شرکت ژاپنی را تصرف می‌کنند و مهمانان شرکت کنندگان در مهمانی شب سال نو را به گروگان می‌گیرند. در این جا «جان مکلین» (ویلیس) پلیس نیویورکی، نبردی یک تنه را علیه مهاجمان آغاز می‌کند.
هیات سولاریس یک پایگاه بر روی سیاره‌ای که نشانه‌هایی از حیات هوشمند در آن دیده شده، برپا کرده‌اند، اما جزئیات در این مورد مبهم و رازآلود است. بعد از مرگ مشکوک یکی از سه دانشمند ساکن در پایگاه، شخصیت اصلی داستان به جای او فرستاده می‌شود...
در زندانی مجهز که در یک آزمایشگاه پژوهشی ساخته شده، ۲۰ مرد را در برابر دستمزدی ۴۰۰۰ مارکی گرد هم می آورند تا ۱۲ تن از آنها نقش زندانی و ۸ نفر دیگر نقش زندان بان را ایفا کنند. زندانی ها به سلول هایشان هدایت می شوند و باید به مقررات زندان گردن نهند و نگهبانان نیز به وظایف خود (بدون اعمال خشونت) عمل کنند.
دنیای آینده. زمین برای جدال در برابر حشرات غول آسایی از سیارات دیگر که به مایه ی تهدیدی جدی بدل شده اند، آماده می شود. «جانی» (وان دین) و «کارمن» (ریچاردز)، هم مدرسه ای های دل باخته ی یک دیگر که از هم جدا شده اند و به ارتش پیوسته اند، دوباره طی علملیات جنگی در فضا یک دیگر را می یابند. خیلی زود جنگ آدم ها و حشره ها شدت می گیرد...
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
همانطور که برندگان جایزه نوبل به استکهلم می آیند برای دریافت جایزه های خود، زندگی خود را از راه های مختلف از بین می برند و تحریک می شوند.
صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.