"دون ویتو کورلیونه"، بزرگ یک "خانواده" مافیایی نیویورکی است. وقتی یک گنگستر تحت حمایت "سولوتزو"، یک خانواده مافیایی دیگر، قصد خود را مبنی بر فروش و پخش موادمخدر در سراسر نیویورک اعلام می‌کند، مشکلات شروع می‌شود. دون ویتو مخالف این کار است و به پولی که از "باج" و قمارخانه‌ها و غیره درمی‌آورد، راضی است. بنابراین به جانش سوءقصد می‌کنند. سپس سولوتزو، یکی از مشاوران دون ویتو را می‌رباید و او را وادار می‌کند تا پسر دون ویتو را به فروش موادمخدر راضی کند. اما هنگامی‌که سولوتزو خبردار می‌شود که دون ویتو هنوز زنده است، نقشه‌هایش به باد می‌رود …
«مایکل کورلئونه» (آل پاچینو) درگیر سرو سامان بخشیدن به امپراتوری ای است که از پدرش، «دون ویتو» (مارلون براندو) به ارث برده است. داستان به طور موازی زندگی «مایکل کورلئونه» قبل از انقلاب کوبا و زندگی «ویتو کورلئونه?» جوان، مهاجرت او از سیسیل به آمریکا و چگونگی رسیدن او به قدرت را نشان می‌دهد و اینکه مایکل چگونه در دادگاه به دفاع از خود در مقابل اتهامات می پردازد…
« جیم » ( دین )، پسر جوان خانواده اى است كه در آن مادر ( دوران ) تسلط عجیبى بر پدر ( باكوس ) دارد. به همین دلیل « جیم » با این دو رابطه ى چندانى ندارد. او در دبیرستان جلب « جودى » ( وود )، دخترى مى شود كه از بى محبتى هاى پدرش رنج مى برد...
پدرخوانده با از دست دادن برادرش در جریان فعالیتهای تبهکارانه ی خانواده و مبارزه با دیگر خانواده‌ها و همچنین جداشدن همسرش تصمیم گرفته است تا فعالیتهای خانواده را کاملا قانونی کند. بدین منظور قصد دارد تا شرکتی که درآمد اصلی کلیسای واتیکان را تامین می‌کند خریداری نموده و مدیریتش را به دختر و پسرش واگذار کند. اما این معامله ایست پر سود و سران خانواده‌های مافیایی نیز خواهان شریک شدن در آن هستند. از طرفی در کلیسا نیز دستهایی پنهان در تلاش است تا جلو انعقاد این قرارداد را بگیرد. پدرخوانده نیز برای شریک نکردن سران مافیا تاوان سنگینی را خواهد پرداخت.