故事发生在《奥特曼传奇》之后，打败海帕杰顿、体内还蕴含着高斯和戴拿力量的赛罗来到怪兽墓场。侵略者百特星人召集地狱四兽士：EX雷德王、贝蒙斯坦、伽汝布斯、眼Q跟赛罗进行战斗。利用新力量的赛罗轻易打败地狱四兽士，但是吸收了四地狱兽士力量的百特星人利用皮古蒙的死威胁赛罗，最后赛罗利用新的力量分身变成强力日冕赛罗和月神奇迹赛罗打败百特星人并成功救出皮古蒙，并与究极赛罗警备队一起离开怪兽墓场。
本片收录了日本两大特摄英雄系列的资料，最后更有初代奥特曼和假面骑士一号合作战斗的短篇。
在与佐古的战斗结束后，加木和藤宫都开始过着正常的生活，直到另一个威胁降临地球——佐古军队中一个名叫加库佐姆的幸存怪物士兵。
被莎乐美星人抓到的雷，得到了“异次元的雷”的帮助。 然而异次元的雷却无法控制雷奥尼克斯的血脉，进入失控状态。 另一方面，由于与假奥特兄弟的激战，赛罗奥特曼陷入了绝境。 关键时刻到来的是赛罗的老师雷欧奥特曼！ 等待丽和日向的命运是什么！？黑暗独眼赛罗的秘密即将揭开！
凑家生活的绫香市已经有一年不出现怪兽了。 凑家一直过着安稳平静的日子，相比一步步靠近自己梦想的弟弟勇海和妹妹朝阳，哥哥活海陷入了对未来的困惑。于是，活海想见一见自己高中时代的挚友，曾经立志成为游戏制作者的户井。但这位朋友却也是辞了工作宅在家里的状态，这使活海深受打击。 谜之存在的托雷基亚借着二人的迷茫用邪恶的力量入侵了两个人封闭的内心。受到影响的活海离开了地球向着怪兽们居住的遥远星球飞去了。 为了阻止随后出现在地球的怪兽黑蜧，勇海和从另一个世界到来的小陆分别变身成了布鲁奥特曼和捷德奥特曼迎击。 最终家族能否和睦如初，而这个托雷基亚又是何方神圣，目的为何呢！？ 现在让我们用羁绊之力呼唤奇迹……!
在九州阿苏山的一个村落，村民大多从事矿业。一天吉造和五郎吵架，吉造被杀害，五郎却失踪了！矿坑又无缘无故冒水，目击者发现有大怪兽出没，教授等人前往探查，没想到拉顿突然在阿苏山飞出，拉顿直奔福冈，它所经过的地方，无不狂风大作，所有建筑皆被吹垮，更是出现了第二只拉顿把福冈搞的一团混乱…
近未来，日本政要为了推进社会的发展，宣布正式开启提升智能机器人研究水平的“ARK计划”。秉承着一颗正直之心的光明寺信彦博士（长岛一茂 饰）参与其中，谁知相关负责人竟然假借“ARK计划”名义意图开发军用机器人。在此之后，光明寺博士不明不白死于事故，身后留下了正上大学的女儿美津（佐津川爱美 饰）以及还未成年的儿子小胜（池田悠斗 饰）。某个夜晚，姐弟俩遭遇一伙不明身份之人的劫持，危机时刻一名神秘男子出手相助，随后该男子竟然现出战斗机器人的模样，他就是光明寺博士生前专门安装了良心回路的智能机器人次郎（入江甚仪 饰）。 光明寺姐弟的命运由此和次郎搅到一起，而更大的危机和阴谋正向他们逼近……
楠见博士率领科学队在一座岛上进行实验，实验失败使岛上的昆虫巨大化，此时一颗巨蛋出现在岛上，而哥斯拉又从海上出现，似乎是为了保护那颗蛋而来，科学对如何在此种情况中将实验完成并且逃离怪兽魔掌呢？
《假面骑士Kuuga》完结后EPISODE1－2再编集版，对部分镜头重新整理，并增加TV版时没有的片段，同时配乐、配音和电脑特效的部分进行了新的制作，而且提升了画质。
2001年1月2日播出。前半部分从新摄影的导入部开始，经过第17话和第31话的重播成为后半部分的连接的新摄影切割。后半部分是新制作的总集编“EPISODE46.5初梦”的构成。DVD也以同样的构成收录。《初梦》是一部由饰演古朗基怪人身体的演员、女演员作为“波列波列”的客人登场的番外篇。