Denne gangen oppdager Manny og flokken hans en tapt verden med vilt morsomme dinosaurer, deriblant en gretten T-Rex som har en høne å plukke med Sid. Samtidig blir Scrat sprø av den vakre Scratine. Men ønsker hun å stjele hjertet hans… eller eikenøtta?
Snake Eyes tas i mot i den japanske klanen Arashikage etter å ha reddet arvingen deres Storm Shadow, og slutter seg nå til kampen mot terroristgruppen Cobra. Under maksimalt press vil Snake Eyes utvikle seg til den ultimate krigeren.