Le Retour du Joker raconte l'histoire de la réapparition de l'ennemi de Batman, 40 ans après avoir disparu de la scène. Bruce Wayne semble connaître la raison de cette longue disparition du Joker, et est ainsi certain qu'il ne peut s'agir de la même personne. Lui et Terry McGinnis tentent de découvrir la véritable identité du vilain, et son plan. Au fur et à mesure de l'enquête, les destins de plusieurs autres personnages de l'univers de Batman, qui n'avaient pas encore été mentionnés dans la série Batman, la relève, sont révélés, et notamment celui du second Robin (Tim Drake).
Au XXVIème siècle, un scientifique sauve Alita, une jeune cyborg inerte abandonnée dans une décharge. Ramenée à la vie, elle doit découvrir le mystère de ses origines et le monde complexe dans lequel elle se trouve, afin de protéger ses nouveaux amis contre les forces sombres lancées à sa poursuite.
La dernière invention de Mister Freeze agrandie Killer Croc et Bane, les transformant en monstres mutants géants détruisant tout sur leur passage dans les rues de Gotham. Batman et Green Arrow doivent sauver la ville en utilisant leurs robots mécaniques géants.
Les vacances s'achèvent pour Ben Tennyson, sa cousine Gwen et leur Grand-père Max. A la fin de l'été où Ben a découvert l'Omnitrix tous trois retournent pour la rentrée à leur ville natale de Belwood, au désespoir de Ben, qui doit donc arrêter de jouer les super-héros pour reprendre une vie normale. Cependant, cette fin n'est pas aussi calme qu'il l'aurait cru : Eon, un très ancien extra-terrestre capturé jadis par les Plombiers, s'échappe de sa prison. Il souhaite à présent retrouver Ben et l'Omnitrix pour un plan destiné à permettre une invasion de son peuple sur Terre...
John Brown, vigile aux laboratoires Bradford, rêve de devenir un grand détective pour séduire celle qu'il aime en secret, Brenda Bradford. L'occasion se présente quand, alors que le professeur et sa fille mettent au point leur programme top secret de cyber-policier, le méchant Sanford Scolex organise un cambriolage du laboratoire. Au cours de cette effraction particulièrement violente, le professeur est tué tandis que John Brown fait preuve d'héroïsme. Pour le récompenser, Brenda décide de lui appliquer son programme scientifique.
Dans cette nouvelle aventure, Batman aura bien besoin de son audacieux partenaire Robin, juché sur sa fringante moto turbo. En effet, le glacial M. Frezze fait régner une vague de froid polaire sur Gotham City avec la complicité de la belle et vénéneuse Poison Ivy, au baiser mortel et aux formes sinueuses, qui rêve de soumettre le monde au pouvoir des femmes-fleurs.
Jadis des extraterrestres ont laissé aux Aztèques un masque d'or qui permet à celui qui le porte de contrôler les esprits et une lignée de « dieux blancs » pour protéger notre planète : celle des hommes-puma. Malheureusement, le masque est entre les mains d'une organisation criminelle diabolique dirigée par le maléfique Docteur Kobras. Celui-ci l'emploie pour devenir le maître du monde...
Takatora Kureshima visite un ancien site de projet expérimental de la société Yggdrasill situé dans une république frappée par la pauvreté et les conflits. Il visite le site pour la première fois en 8 ans et est subitement attaqué ! Il est dans l'endroit le plus dangereux de la république, dans lequel de nombreux jeunes hommes sont tués pour se défendre en essayant de survivre...
L'équilibre fragile que doit trouver Clark Kent, alias Superman, entre son origine Kryptonienne et sa vie d'humain.