2204: un futuristico sottomarino si avvicina al corpo sommerso di un gigantesco dragone a tre teste, di cui una scomparsa... 1992: un velivolo simile ad un disco volante sorvola la città di Tokyo, osservato da migliaia di persone, tra cui c'è anche la ESP Miki Saegusa, apparsa nel precedente film. Il giorno dopo, lo scrittore Kenichiro Terasawa e l'editore Chiaki Morimura intervistano un soldato reduce della seconda guerra mondiale, che afferma di aver visto un dinosauro ancora vivo sull'isola di Lagos, nel Pacifico...
Un padre di famiglia ossessionato dai sogni di un'invasione aliena affronta il suo incubo quando gli extraterrestri incominciano a sterminare gli abitanti della Terra.
Anno 2267. il cargo Kassandra sta portando materiale presso una remota stazione spaziale: un viaggio che dura 8 anni, tra andata e ritorno, che vengono trascorsi dall'equipaggio quasi sempre in ibernazione. Laura, il giovane medico di bordo, si è imbarcata perchè vuole guadagnare i soldi per raggiungere la sorella su Rhea, il pianeta verde rifugio di chi vuole fuggire dalla Terra il cui ecosistema è al collasso. La donna scopre però che c'è qualcun altro a bordo oltre all'equipaggio e che anche il carico del cargo non è quello dichiarato.
A bordo di un piccolo sottomarino, due intraprendenti boy-scout - un americano e un giapponese - incontrano sul fondo del mare Gamera, la gigantesca testuggine, con la quale entrano subito in sintonia: Gamera, infatti, ama i bambini e gioca volentieri con loro. Tutto fila liscio, almeno fino a quando alla cosa non si interessano gli extraterrestri: nella loro mente, dominata dall'imperativo di conquistare la Terra, si fa strada l'idea di servirsi della creatura marina. Dopo aver risucchiati a bordo di un disco volante bambini e mostro, applicano sul collo di quest'ultimo un marchingegno che consente di comandarlo a distanza e gli ordinano di partire alla volta del Giappone per devastarlo. I due piccoli boy-scout riescono a liberarsi e a distruggere il dispositivo che annulla la volontà di Gamera, ma come arma di riserva, gli invasori possono, però, ancora contare su Bairasu, sorta di calamaro gigante, che scatenano contro la testuggine...
Una famiglia cerca di fuggire dalla Chicago occupata dagli alieni ma non ha fortuna e sopravvivono solo i due giovani fratelli Rafe e Gabriel. Nove anni dopo, nel 2025, Rafe è scomparso, dato per morto si è in realtà unito alla resistenza, mentre Gabriel lavora a chip di cellulari da cui vengono estratti dati per gli archivi degli occupanti alieni. Trova il modo di farci su anche qualche soldo sul mercato nero e insieme a un amico prepara una barca per la fuga dalla città, ma i suoi piani sono stravolti dal ritorno di Rafe e dalle azioni terroristiche della resistenza. Sulle quali indaga anche il detective William Mulligan, che vuole proteggere il quartiere di Pilsen dalla rappresaglia aliena.
Meteoriti provenienti dalla Luna precipitano sul suolo britannico. Gli scienziati andati a investigare, vengono soggiogati da una forza aliena che ne fa i suoi schiavi. Il gruppo inizia a lavorare a un missile, mentre in città scoppia un'epidemia di scarlattina che uccide tutti. Il dottor Curtis, che si salva dal dominio extraterrestre a causa di una placca cranica d'argento, cerca di liberare i colleghi, ma rimane intrappolato sul razzo che lo porta sulla Luna. Qui, discutendo con gli alieni, riesce a giungere a un pacifico accordo.
Alieni con voglie di conquista scendono sulla Terra (nella notte di Halloween). Ma sono solo cinque e piuttosto scadenti. Tant'è che gli abitanti della tipica cittadina americana li vedono solo procurarsi guai e se ne stanno tranquilli.