Možje v črnem so od nekdaj varovali Zemljo pred sovražniki iz vesolja. Toda v najnovejši pustolovščini je izziv veliko večji: sovražnik se tokrat skriva med njimi samimi in znotraj tajne organizacije MIB.

Johnny Rico se prostovoljno javi v vojsko, da bi osvojil srce očarljive Carmen Ibanez. Ko se med urjenjem zgodi tragična nesreča, Johnny spozna, da se je vojski pridružil zaradi napačnih razlogov. Ko hoče vojsko zapustiti, Zemljo napadejo orjaške žuželke, ki njegovo rojstno mesto zravnajo s tlemi. Zaradi smrti svoje družine in prijateljev se Johnnyjeva žalost prelevi v jezo in odloči se, da bo ostal v vojski ter se boril proti žuželkam. S svojo enoto odpotuje na oddaljene planete, da bi se boril proti neusmiljenemu sovražniku.

Tommy Lee Jones in Will Smith se vračata v drugem delu akcijske komedije, kjer možje v črnem lovijo uporne Nezemljane. Človeštvo ogroža čedna zapeljivka, v resnici vesoljska pošast, ki hoče uničiti Zemljo. K in J morata spet v akcijo.