A história conta sobre o mesmo que aconteceu em tempos atrás quando o digimundo vivia as lutas entre digimons humanóides e Feras, para saber quem é o melhor, mas temos que deixar bem claro que a história deste filme (OVA) na história digimon Frontier, e não antes quando ainda havia os digimons Ancient's. Tudo está acontecendo de novo por que digimons Humanóides e Feras lutam por razões absurdas, por que pensam totalmente um diferente do outro, então um sempre quer estar certo e o outro sempre acha que o outro está errado. Nos dois exércitos a um lider que comanda as tropas, os digimons Humanóides são liderados por D'arcmon, e do exército fera quem comanda as tropas é HippoGryphomon.
Os Tamers estão em férias de verão e estão separados. Takato visita o seu primo Kai em Okinawa com o Guilmon, Henry investiga ruínas subaquáticas em Yonaguni com Terriermon e Rika fica para trás com Renamon para defender a sua cidade de Digimon invasores. Um Digimon maligno conhecido como Mephismon aparece e começa um plano que envolve a mania do novo animal de estimação digital conhecido como V-Pet para desativar as comunicações em todo o mundo e permitir que os Digimon atravessem livremente para o mundo real.
Após os acontecimentos de Digimon Adventure 02, tudo está finalmente voltando ao normal. Até que um ícone estranhamente familiar começa a mostrar-se em sistemas de computadores ao redor do Japão. E não apenas os sistemas de computador ... TVs, celulares, jogos de vídeo; qualquer coisa com uma tela com recursos on-line. E este ícone parece estar procurando por alguém ... Yagami Taichi, e Ishida Yamato, que o derrotou vários anos antes. Então percebe-se que este digimon é, de fato Diablomon, o tipo de vírus Digimon que foi derrotado em "Bokura no War Game". Mas desta vez, ele aprendeu a tornar-se físico, e está enviando milhares de cópias de si mesmo para o mundo real.
A missão da guilda Fairy Tail de recuperar a equipa do mortal e destrutivo Dragon Cry obriga o caçador de dragões Natsu a passar por uma transformação perigosa.
Pokémon Jirachi acorda de um longo sono para absorver a energia do Cometa Milénio, que aparece durante sete dias, a cada mil anos. Mas eis que um mágico - conhecido como Mordomo - tem a ideia de usar essa energia para fins próprios.
Cinco anos depois do último massacre do Cabeça de Abóbora, num lugar das imediações, a velha inimizade entre duas famílias de fazendeiros — os Hatfield e os McCoy — vai ser posta à prova pelo amor entre dois dos seus jovens filhos, Jodie Hatfield e Ricky McCoy. Porém, ao ver que não os deixam ficar juntos, Ricky invoca o Cabeça de Abóbora para massacrar toda a família rival e consumar o seu amor, vingando também a morte de uma jovem da sua família.
Após um incidente que resulta na morte de uma velha bruxa, um grupo de jovens comete o erro de acordar um demónio do seu sono debaixo da terra. Agora, a criatura está à solta, empenhada em persegui-los e vingar a morte da bruxa, bem como a morte de um jovem deformado que aconteceu décadas antes.
Após os donos de um crematório serem presos por tráfico de órgãos e pela profanação hedionda de dezenas de cadáveres ao seu cuidado, os residentes de um pequeno vilarejo rural americano invocam um demónio para os vingar: o Cabeça de Abóbora, que muitos pensam ser só personagem de folclore. Todavia, a vingança tem um preço alto, e a criatura matará tudo o que se interpuser entre ela e as suas vítimas.
Um enorme pássaro com asas, chamado Claw, vindo do espaço exterior, aterroriza camponeses inocentes no norte do Canadá. Quando ele voa para o sul, destrói o edifício das Nações Unidas em Nova Iorque.
Uma força desconhecida ataca o Mundo Real, colocando todos sobre um sono eterno. Agumon e os seus amigos são arrastados para uma situação onde os seus amigos humanos estão todos a dormir, até que aparece uma rapariga que os informa sobre o que realmente se passa e ajuda-os. Agumon vê-se obrigado a lutar contra Argomon, um Digimon que pretendia deixar todos os humanos a dormirem eternamente devido às consequências que as suas irresponsáveis ações estavam a causar ao Mundo Digital.