Scooby e i suoi amici raggiungono la cugina di Daphne in Scozia, in occasione dei giochi delle Highlands. Purtroppo, si scopre che un'antica leggenda si sta dimostrando realtà. La gang scopre infatti che la barca della cugina di Daphne è stata speronata da un grosso serpente marino dagli occhi rossi. Il famoso mostro esiste, allora. Toccherà alla Mistery inc. scoprirlo.

Il signor Link è alto 8 piedi, pesa 620 libbre ed è coperto di pelo. Il suo aspetto mastodontico non tragga però in inganno: è divertente, dolce e adorabile. Stanco di condurre un'esistenza solitaria, recluta l'intrepido esploratore Sir Lionel Frost per guidarlo in un viaggio alla ricerca dei parenti da tempo perduti nella leggendaria valle di Shangri-La. In compagnia dell'avventurosa Adelina Fortnight, affronteranno pericoli e impareranno anche come si possa essere una famiglia anche senza legami di sangue.

Ad Abalone, nell'Ariziona di inizio 1900, arriva un circo itinerante gestito da un misterioso ed anziano cinese. Gli abitanti della città, presi da piccole faide e reciproci contrasti, si troveranno di fronte ad uno spettacolo mai visto prima e che cambierà per sempre le loro vite.

A casa di Holmes si presenta una sera una donna disperata per la scomparsa di suo marito, un ingegnere belga. Insieme al fido Watson, il celebre investigatore parte per la Scozia e va a finire in una locanda sulle rive del lago di Loch Ness. È a quel punto che Watson crede di vedere un mostro, che in realtà è un sottomarino. Così come la donna affranta che li ha "ingaggiati" si rivela poi una spia tedesca.

Una leggendaria ed amichevole creatura rettiliana chiamata Nessie vive in uno stagno con la sua papera di gomma, MacQuack. Quando un ricco produttore decide di edificare un campo da golf attorno allo stagno, Nessie viene sfrattata di casa ed è costretta a cercare un nuovo lago dove vivere. Si mette in viaggio, ma ovunque trovi una pozza d'acqua essa viene cacciata in malo modo. Colta dalla disperazione, la draghessa si lascia andare in un pianto che dura per mesi; alla fine, quando non ha piu' la forza per piangere, nota che attorno a sè le sue lacrime hanno formato un lago perfetto per lei e la sua papera.

Un ragazzino solitario trova casualmente misteriose uova nei pressi di un lago scozzese. Si tratta in realtà di una mistica creatura marina che, fin dalla nascita, si legherà al bambino trattandolo come se fosse la sua mamma. Quando la taglia dell'animale aumenta, i due amici sono costretti a separarsi, ma il sentimento che li unisce non è destinato a finire mai.

Lo zoologo americano Jonathan Dempsey (Ted Danson), specializzato negli studi su animali "mitici" e in piena crisi professionale, viene inviato sul lago di Loch Ness per sfatare la leggenda della presenza di un mostro. Ospite nella locanda di Laura McFeteridge (Joely Richardson), simpatizza con la figlioletta di costei, Isabella, ma nonostante ciò è impaziente di finire il lavoro e di andarsene. Affitta pertanto una barca e scandaglia senza risultati le acque con strumenti ultramoderni, suscitando la diffidenza di Water Baliff (Ian Holm), l'anziano guardiano delle acque. Proprio quando Dempsey sta per partire sicuro dell'inesistenza del mostro, una fotografia scattata dal dottor Abernathy, il suo predecessore morto misteriosamente, che mostra una strana pinna, lo induce a rimanere.

Il paleontologo Case Howell, insieme alla ex-moglie e alla produttrice di Discovery Channel, viene inviato sul lago di Loch Ness per continuare gli studi del suo professore misteriosamente scomparso nel lago. Troveranno una creatura antica e terrificante che dovrebbe essere estinta da un milione di anni.