평범한 열 살 짜리 소녀 치히로 식구는 이사 가던 중 길을 잘못 들어 낡은 터널을 지나가게 된다. 터널 저편엔 폐허가 된 놀이공원이 있었고 그곳엔 이상한 기운이 흘렀다. 인기척 하나 없는 이 마을의 낯선 분위기에 불길한 기운을 느낀 치히로는 부모님에게 돌아가자고 조르지만 부모님은 호기심에 들떠 마을 곳곳을 돌아다니기 시작한다. 어느 음식점에 도착한 치히로의 부모님은 그 곳에 차려진 음식들을 보고 즐거워하며 허겁지겁 먹어대다가 돼지로 변해버린다. 겁에 질려 당황하는 치히로에게 낯선 소년 하쿠가 나타나 빨리 이곳을 나가라고 소리치는데...

북쪽의 끝, 에미시족의 마을에 어느 날 갑자기 재앙신이 나타나 마을을 위협한다. 이에 강한 힘을 소유한 에미시족의 후계자인 아시타카는 결투 끝에 포악해진 재앙신을 쓰러트리지만 싸움 도중 오른팔에 저주의 상처를 받고 죽어야 할 운명에 처하게 된다. 결국 재앙신의 탄생 원인을 밝혀 자신의 저주를 없애기 위해 서쪽으로 길을 떠난 아시카타는 여행 중에 지코라는 미스테리한 수도승을 만나 재앙 신이 생겨나게 된 이유가 서쪽 끝에 있는 시시신의 숲과 관련이 깊다는 이야기를 듣게 되고 한시 바삐 서쪽으로 향한다.

알 수 없는 폭발로 도쿄가 폐허가 된 지 31년이 지난 2019년의 일본. 신도시 네오도쿄는 정치와 자본의 결탁으로 첨단의 경제적 풍요를 누리고 있지만 이면에서는 퇴폐, 약물, 폭력, 광신으로 몸살을 앓고 있으며 반정부 시위가 곳곳에서 일어나고 있다. 고아이자 직업학교 출신 폭주족인 카네다 패거리는 오토바이로 거리를 누비며 아슬아슬한 심야의 레이싱을 즐긴다. 그중 한명인 테츠오는 자신에게 통제할 수 없는 엄청난 힘이 내재해 있음을 알고는 세상에 복수하듯 그 힘을 남용하기 시작한다. 과학자들은 진화된 인간에 도달하기 위해 아이들을 대상으로 능력을 각성시킬 실험을 자행하고, 30년 전의 도쿄 폭발은 실험대상 중 아키라라는 미지의 아이와 연관되어 있는데...

1988년, 어딘가 암울하고 삐딱하게 보이는 고교생 도니 다코는 가족들과도 잘 어울리지 못하는 내성적인 성격의 소년이다. 어느 날, 자고 있던 그는 이상한 목소리를 따라 정원으로 나가게 되고, 그 곳에서 거대한 토끼 괴물을 만난다. 프랭크라는 이름을 가진 그는 도니에게 28일 6시간 43분 12초 후 할로윈 데이에 세상은 멸망할 것이라고 말한다. 다음날 아침 골프장에 누워 있다 잠을 깬 도니는 자신의 팔뚝에 선명하게 쓰여진 '28:06:43:12'라는 숫자를 발견한다. 집으로 돌아간 도니는 지난 밤 2층에 있는 자신의 침실에 출처 불명의 제트기 엔진이 추락하는 대형 사고가 있었음을 알고 프랭크의 존재에 대해 의식하기 시작한다. 의문의 대형사고를 몽유병 덕에 피한 도니의 주변에는 점점 기괴한 사건이 연발하고, 학교 친구들은 그런 도니를 이상한 존재로 여긴다. 그러던 어느 날 새로운 전학생 그레첸이 전학 오면서 도니의 학창 생활에 빛이 비치기 시작한다. 그러나 밤에만 나타나던 프랭크는 파멸의 날이 하루하루 다가올수록 점점 더 자주 도니에게 나타나 알 수 없는 말들을 늘어놓으며 도니를 혼란시킨다. 파멸의 날이 다가올수록 학교와 마을은 점점 공황 상태에 빠지고, 어느 순간 도니는 자신의 주위에 일어나는 이 모든 일이 우연이 아님을 깨닫는다. 그러나 도니의 갖은 노력에도 불구하고 그와 그 주위에 있는 사람들은 점점 암흑 속으로 빠져드는데...

베를린 하늘의 천사, 다니엘은 어느 날 공중 곡예를 하는 마리온을 보고 반한다. 그저 바라보기만 할 수 있는 천사로서는 사랑에 빠진 여자를 만질 수 없음이 그저 고통스럽기만 하다. 그러던 어느날, 천사였다가 인간이 된 콜롬보를 만난다. 그 후, 다니엘은 천사직을 포기하고 인간이 되어 마리온과 만질 수 있는 사랑에 빠진다. 인간이 되어 마리온과 접촉할 수 있는 사랑을 하게 되나, 인간으로서 살아가는 문제와도 봉착하게 된다.

잘나가는 기상 캐스터 필 코너스는 매해 펑서토니에서 열리는 성촉절 취재를 위해 촬영을 나갔다가 이상한 경험을 하게된다. 취재를 건성으로 끝내고 돌아가려는데 기상 예보에도 없었던 폭설을 만나 발이 묶이게 되고, 다음날 일어났더니 날짜가 하루 지난 것이 아닌 바로 어제의 그날, 그 장소였던 것이다. 어제와 똑같은 오늘이 반복되자 필 코너스는 매일 매일을 관찰하여 여자를 꼬시기도 하고, 금고 수송 차량을 털어 멋진차를 사기도 한다. 하지만 반복되는 나날들에 환멸을 느끼게 되고 결국 자살을 시도하지만 여전히 일어나면 바로 어제의 그 시간, 그 장소로 돌아간다. 그런 가운데 그는 함께 온 신임 프로듀서 리타의 착하고 순수한 마음을 알게되고, 그녀를 진심으로 사랑하게 된다. 매일 그녀의 생각과 행동들을 익히게 되고, 그녀의 마음을 얻으려하지만 하루만에 이루어지지 않는 사랑도 있는 법, 필 코너스는 언제까지 같은 시간 같은 장소에 묶여있게 될까?