10 år gamle Chihiro skal flytte til en ny by sammen med foreldrene sine. På veien til det nye huset tar faren en snarvei – noe som får dramatiske konsekvenser. De kommer fram til noe som ser ut som en nedlagt fornøyelsespark, men det er faktisk et badehus for slitne ånder. Badehuset er kontrollert av den onde heksa Yubaba. Som straff for at foreldrene til Chihiro har tatt seg til rette på åndenes område og spist av maten deres, gjør Yubaba dem om til griser.

Mens han beskytter sin landsby mot en demon, blir den modige unge krigeren Ashitaka rammet av en dødelig forbannelse. For å redde livet må han reise til skogene i vest. Når han ankommer dit blir han involvert i en voldsom kamp der menneskene prøver å overta skogen. Den ambisiøse Lady Eboshi og hennes lojale klansmenn tar alle våpen i bruk mot skogsgudene og en modig ung kvinne, Prinsesse Mononoke.

I en nær fremtid efter den store krigs verdensomspændende ødelæggelse finder man den forfaldne metropol Neo Tokyo, der blev til af resterne af den gamle verden. Kriminellebander, politi brutalitet, korruption og udbredt arbejdsløshed gør byen til et sted med evig uro. De to unge motorcyklister Kaneda og Tetsuo begiver sig ud for at finde sandheden, så de kan bringe orden i en by i konstant uorden.