Στο όχι και τόσο μακρινό μέλλον μια ομάδα νεαρών προβαίνει σε βιαιότητες: βανδαλισμούς, κλοπές, βιασμούς χωρίς λόγο ενώ δείχνει να το διασκεδάζει πολύ. Μετά από ένα ατυχές συμβάν, ο Άλεξ βρίσκεται στη φυλακή όπου διαλέγει να ακολουθήσει ένα νέο σωφρονιστικό πρόγραμμα που επινόησε η κυβέρνηση.
Βρισκόμαστε στο 2029, τα όρια μεταξύ της εικονικής πραγματικότητας και του υπαρκτού κόσμου σιγά σιγά χάνονται. Η τεχνητή νοημοσύνη (Artificial Intelligence) γίνεται όλο και πιο περίτεχνη και πραγματική καθώς εξελίσσεται συνεχώς. Οι περισσότεροι άνθρωποι ήδη έχουν λειτουργικά προσαρμοσμένα στον εγκέφαλο τους, επιτρέποντας τους να επικοινωνούν με τους υπολογιστές και να μαθαίνουν από αυτούς. Τους κάνει όμως και ευάλωτους στην εκμετάλλευση. Η ψυχή ενός ανθρώπου είναι κοινώς γνωστή ως “Ghost” σε αυτή τη δημιουργία του Shirow. Χάκερς ικανοί να εισβάλουν στην ψυχή ή ghost ενός ανθρώπου είναι οι πιο ικανοί και οι πιο επικίνδυνοι και αντιμετωπίζονται σκληρά αν συλληφθούν από το σύστημα.
Ενας κατάδικος του έτους 2035 στέλνεται στο παρόν για να βρει τα αίτια της διάδοσης ενός θανατηφόρου ιού, που αφάνισε δισεκατομμύρια ανθρώπους.
Σε μια μετα–αποκαλυπτική Αυστραλία, όπου η βενζίνη και το νερό αποτελούν το κυριότερο αγαθό, συμμορίες άγριων πολεμιστών κατασπαράζουν όποιον βρεθεί μπροστά τους. Mια ομάδα ανθρώπων που κατέχουν μεγάλη ποσότητα καυσίμων και επιθυμούν να ξεφύγουν από το νόμο της ζούγκλας, προσπαθούν να οργανωθούν για να επιβιώσουν με τη πολύτιμη βοήθεια του Mad Max.
Ο Προτ, νεοφερμένος στην ψυχιατρική κλινική του Μανχάταν, ισχυρίζεται ότι έρχεται από το μακρινό πλανήτη Kέι-Παξ. Ο ψυχίατρος που αναλαμβάνει να τον θεραπεύσει αντιλαμβάνεται ότι ο υποτιθέμενος "εξωγήινος" επηρεάζει θετικά την ψυχική κατάσταση των υπόλοιπων ασθενών της πτέρυγας.
O Νίο, ο Μορφέας, και η Τρίνιτυ μας «ξυπνάνε» μέσα στον αφόρητα πραγματικό και σκοτεινό κόσμο του Μάτριξ. Αποστολή του Νίο είναι, να σώσει σε 72 μόλις ώρες την Ζάιον, την τελευταία ελεύθερη πόλη, από ένα στρατό 250.000 φονικών μηχανών που απειλεί να την καταστρέψει. Σε αντίθετη περίπτωση το ανθρώπινο γένος θα εξαφανιστεί από προσώπου Γης. Οι κάτοικοί της ωστόσο, ενθαρρυμένοι από την πεποίθηση του Μορφέα ότι η προφητεία θα εκπληρωθεί και ο πόλεμος με τις μηχανές θα λάβει τέλος, χάρη στον «εκλεκτό» που είναι ο Νίο, εναποθέτουν όλες τις ελπίδες τους σ΄ αυτόν. Ο Νίο όμως, βασανίζεται από τρομακτικούς εφιάλτες που αφορούν τη ζωή της αγαπημένης του Τρίνιτυ.
Μία μέρα πριν από το 2000, σε ένα Λος Αντζελες όπου επικρατεί χάος, ένας πρώην αστυνομικός που εμπορεύεται παράνομα MiniDisc εικονικής πραγματικότητας θα βρεθεί μπλεγμένος στο φόνο ενός μαύρου ράπερ που είναι δημοφιλής στις καταπιεσμένες κοινωνικές ομάδες.
Ο Νίο έχει παγιδευτεί στον «Σιδηροδρομικό Σταθμό», μια διάσταση κάπου ανάμεσα στο Μάτριξ και τον πραγματικό κόσμο. Ο Μορφέας, η Τρίνιτι και ο Σέραφ οργανώνουν την επιχείρηση διάσωσής του ζητώντας τη βοήθεια του Μεροβίγγιου. Εντωμεταξύ οι στρατιές των Μηχανών κατευθύνονται προς την Ζάιον, το τελευταίο οχυρό της ανθρώπινης αντίστασης ενάντια στην κυριαρχία τους. Όμως δεν έχουν ακόμη αντιληφθεί πως κάποιος έχει αποκτήσει τον έλεγχο του Μάτριξ με σκοπό να καταστρέψει τα πάντα: ο κύριος Σμιθ! Ενώ η Ζάιον αντιστέκεται σθεναρά στις καταιγιστικές επιθέσεις των Μηχανών, ο Νίο καταδύεται στα άδυτα του Μάτριξ σε μια ύστατη προσπάθεια να έρθει αντιμέτωπος με τον Σμιθ και να ματαιώσει τα σχέδιά του.
Η Gotham City δέχεται επιθέσεις από ιπτάμενα ρομποτ. Την ίδια στιγμή, η δημοσιογράφος Polly Perkins (Gwyneth Paltrow) παρατηρεί την εξαφάνιση διαφόρων επιστημόνων. Με τη βοήθεια ενός έμπειρου πιλότου (Jude Law) προσπαθεί να ανατρέψει τα σχέδια ενός τρελού επιστήμονα που θέλει να δημιουργήσει τον Κόσμο του Άυριο..
Οι επιστήμονες του Κέντρου Τεχνολογικής Εξέλιξης για την Επιβολή του Νόμου μόλις κατάφεραν να κατασκευάσουν τον SID 6.7: έναν οργανισμό εικονικής πραγματικότητας, «οπλισμένο» με τις ικανότητες περισσότερων από 150 serial killers! Όταν τελικά ο SID 6.7 ξεφεύγει από τον έλεγχο των δημιουργών του σπέρνοντας τον τρόμο και τον θάνατο, ο Πάρκερ Μπαρνς (πρώην αστυνομικός που τώρα εκτίει ποινή φυλάκισης για την δολοφονία του serial killer που σκότωσε την σύζυγό του και το παιδί του) προσφέρεται εθελοντικά για να εντοπίσει τον SID και να τον βγάλει από την μέση...
Στο κοντινό μέλλον ένας ιός έχει μολύνει όλο τον πληθυσμό του πλανήτη. Το Absolon είναι το φάρμακο που πρέπει να παίρνουν όλοι για να παραμείνουν ζωντανοί. Ο επιστήμονας που ερευνούσε τον ιό βρίσκεται νεκρός και ο αστυνομικός Norman Scott αναλαμβάνει την υπόθεση της δολοφονίας. Σύντομα καταλαβαίνει πως η υπόθεση είναι πιο σκοτεινή απ' ό, τι περίμενε καθώς επαγγελματίες εκτελεστές τον κυνηγούν για να το σκοτώσουν.