Rämäpäinen Pazu pelastaa taivaalta alas leijuvan Sheeta tytön. Kaivoskaupungissa apupoikana huseeraava Pazu unelmoi lentämisestä. Sheeta kantaa kaulassaan kiviriipusta, joka näyttäisi kumoavan painovoiman, joten nuorten unelmilla näyttäisi olevan sama suunta ja päämäärä. Sheeta vain on tietämättään salaperäisen taivaalla leijuvan Laputa -linnan kruununperillinen.
Maapallo on veden vallassa. Tuhosta selviytyneet ihmiset asuvat ränsistyneissä, jätteistä rakennetuissa veneissä ja atolleilla ja käyvät jatkuvaa kamppailua merirosvoja vastaan. Osa on menettänyt toivonsa, mutta osa uskoo vielä, että jossain on edelleen olemassa kuivaa maata. Ainoa johtolanka kuivan maan sijainnista on pienen Enola-tytön hallussa.
Nuori tyttö asustaa eristettyä saarta yhdessä tiedemiesisänsä kanssa. Hän lukee kirjaa ja pitää yhteyttä kirjan kirjoittaneeseen syrjäänvetäytyneeseen kirjailijaan.
Leena Kultanen, nuori tyttö joka ei halua sisäoppilaitokseen, tapaa pojan nimeltä Peter Pan, joka ei suostu kasvamaan aikuiseksi. Yhdessä Leenan veljien ja pienen Helinä-keijun kanssa he matkaavat lumottuun Mikä-mikä-maahan. Siellä Leena tapaa pahan merirosvokapteeni Koukun ja joutuu jännittävään seikkailuun, joka tulee muuttamaan hänen elämänsä.