جیمز کول (ویلیس)، یک زندانی حکومتی است که در سال ۲۰۳۵ به شرطی با آزادی اش موافقت می شود که به زمان گذشته برگردد و مانع گسترش یک بیماری ویروسی شود. این بیماری باعث نابودی بیش تر مردم کره ی زمین شده و به خاطر آلودگی هوا، بازماندگان در زیرزمین زندگی می کنند.

قرن 23 است. کشتی ستاره ای فدراسیون ایالات متحده آمریکا اینترپرایز در حال انجام مانورهای آموزشی معمولی است و دریاسالار جیمز تی کرک به نظر می رسد از این واقعیت که این بازرسی آخرین ماموریت فضایی دوران حرفه ای او باشد، ناامید شده است. اما خان برگشته است. خان - مرتد درخشان زمین قرن بیستم - با کمک گروه تبعیدی خود از ابرمردان ژنتیکی، به ایستگاه فضایی رگولا یک حمله کرد، یک دستگاه فوق محرمانه به نام پروژه پیدایش را دزدید، کنترل کشتی ستاره دیگری فدراسیون را به دست گرفت و در تعقیب اینترپرایز تصمیم گرفت. اجازه نمی دهد هیچ چیز مانع از انجام مأموریت او شود: دریاسالار کرک را بکشد... حتی اگر به معنای آرماگدون جهانی باشد.

پیشتازان فضا : ابری مرموز در حال نزدیک شدن به زمین است و همه چیز را در مسیر خود نابود می کند. با توجه به خطر قریب الوقوع، دریاسالار کرک فرمان را از کاپیتان جوان اینترپرایز تازه بازسازی شده، ویلارد دکر، می گیرد و همراه با خدمه قدیمی خود که به سرعت دوباره جمع شده اند، به سمت سازه مرگبار می رود. کرک و خدمه اش متوجه می شوند که ابر V'ger نام دارد و امیدوار است خالق آن را روی زمین بیابد. اسپاک به تنهایی، به لطف ترکیب ذهنی Vulcan، متوجه می شود که در زیر ابر یک ماشین پیچیده وجود دارد. کرک موفق می شود V'ger را متقاعد کند که او را با چند دنبال کننده وارد فضای ابری کند. آنجا می خواهد راز او را فاش کند.

در سال ۲۰۰۳، دکتر سرینا کوگان از شرکت «سایبرداین سیستمز»، به سلول مارکوس رایت می‌آید و این زندانی محکوم به مرگ (با تزریق) را متقاعد می‌کند تا بدن خود را پس از مرگ برای پژوهش پزشکی به آن شرکت بسپارد. یک سال بعد از این جریان، ربات‌های ساخت انسان که به درجه‌ای از هوشمندی و خودآگاهی رسیده‌اند، نوع بشر را به عنوان تهدیدی برای بقای خود به‌شمار می‌آورند و سامانه‌ای به نام «سامانه اسکای‌نت» را به منظور قلع و قمع انسان‌ها ایجاد می‌کنند. این سامانه موفق می‌شود در جریان رخدادی که «روز داوری» نامیده می‌شود بیشتر افراد بشر را نابود کند.