Ένας ιππότης και ο ιπποκόμος του. Επιστρέφουν από τις Σταυροφορίες σε μια Σουηδία που μαστίζεται από την πανούκλα. Στο δρόμο τους θα συναντήσουν τον Θάνατο, ο οποίος θα ζητήσει από τον Ιππότη να τον ακολουθήσει. Εκείνος, για να κερδίσει χρόνο, μήπως και μπορέσει να βρει απαντήσεις στις υπαρξιακές αγωνίες και τα μεταφυσικά προβλήματα που τον ταλανίζουν προτείνει στο Θάνατο να παίξουν μια παρτίδα σκάκι και όταν τελειώσει, αυτή να είναι και η τελευταία προθεσμία του.
Η Ούτα, είναι η πιο αγαπητή τραγουδίστρια στον κόσμο. Η φωνή με την οποία τραγουδάει, ενώ παράλληλα κρύβει την αληθινή της ταυτότητα, έχει χαρακτηριστεί ως "μαγευτική". Θα εμφανιστεί δημόσια για πρώτη φορά, δίνοντας μια ζωντανή συναυλία. Καθώς το στάδιο γεμίζει με διάφορους fans της, το Ναυτικό που παρακολουθεί στενά και τους Straw Hat που με αρχηγό τον Λούφυ ήρθαν απλά για να απολαύσουν την ερμηνεία της – η φωνή για την οποία όλοι ανυπομονούν, πρόκειται να ακουστεί ξανά.
Η ιστορία εξελίσσεται δύο χρόνια μετά το τέλος του παιχνιδιού. Μια ασθένεια ονόματι "Geostigma" μαστίζει τον κόσμο. Ο κεντρικός ήρωας, Cloud Strife, θα πρέπει να αντιμετωπίσει τρεις μυστηριώδεις άνδρες που απαγάγουν μικρά παιδιά και τους κάνουν πλύση εγκεφάλου. Στο πλευρό του θα σταθεί η Tifa Lockhart, η οποία είναι πλέον ιδιοκτήτρια ορφανοτροφείου και φυσικά και άλλοι χαρακτήρες από το final fantasy VII όπως ο Vincent Valentine.
Όταν ποσότητες ραδιενεργών αποβλήτων έρχονται σε επαφή με τέσσερα χελωνάκια κι έναν αρουραίο στους σκοτεινούς υπονόμους της Νέας Υόρκης, η χημική αντίδραση που δημιουργείται προκαλεί κάτι αδιανόητο. Ο αρουραίος είναι πλέον ο σοφός δάσκαλος Σπλίντερ και οι χελώνες… χελωνονιντζάκια! Ο Ραφαέλ, ο Μικαλάντζελο, ο Ντονατέλο κι ο Λεονάρντο είναι άσοι στο να τρώνε πίτσα και να καταπολεμούν το έγκλημα με τις γνώσεις τους πάνω στις πολεμικές τέχνες. Ο εχθρός ονομάζεται Σρέντερ και η επιθυμία του να κατακτήσει τον κόσμο μπορεί να βρει κόντρα μονάχα από τους τέσσερις ήρωες.
Μια τελετή μαύρης μαγείας φέρνει στη Γη τον δαίμονα Hellboy, γεννημένο στις φωτιές της Κόλασης. Ο καλόκαρδος δόκτωρ Μπρουμ θα τον πάρει υπό την προστασία του και θα τον γνωρίσει σε μια ομάδα ανθρώπων, που ζουν απομονωμένοι εξαιτίας των υπερφυσικών τους ικανοτήτων. Ο πύρινος ήρωας θα συμμαχήσει μαζί τους για να πολεμήσουν τις δυνάμεις του Σκότους, που απειλούν την ανθρωπότητα...
Οι Χελώνες και ο Σρέντερ μάχονται για άλλη μια φορά, αυτή τη φορά για το τελευταίο δοχείο της λάσπης που δημιούργησε τις Χελώνες, το οποίο ο Σρέντερ θέλει να δημιουργήσει έναν στρατό νέων μεταλλαγμένων.