O filme apresenta um velho homem vivendo sozinho em uma cidade que se tornou submersa. A água está subindo lentamente, e para manter a sua construção original, coloca cubos em cima de cubos de manter fora da água. Assim como ele desce e vê a níveis anteriores de sua casa (hoje submersa) ele relembra vários momentos de sua vida.

O sublime início deste anime, sem diálogos e com cortes rápidos, faz um breve resumo da vida de algumas personagens e várias cenas aqui presentes aparecerão novamente ao longo da obra, cujo enredo gira em torno dos amigos Myon e Nishi.

Em 2015 a humanidade enfrenta a maior ameaça de sempre: uns seres misteriosos, chamados Anjos, que semeiam o pânico e a destruição por onde passam. Ninguém conhece a sua origem nem os seus motivos. Com o intuito de deter esta ameaça fatal as Nações Unidas encarregaram a organização secreta Nerv de criar uns andróides gigantescos, os Evangelions. É a batalha final entre a raça humana e os Anjos.

Shirotsugh Lhadatt aspirava juntar-se a marinha e se tornar um piloto de guerra, mas suas notas na escola jamais permitiriam isso. Acabou por resignar-se em juntar a Real Força Espacial, que apesar de ser constituida por oficiais desleixados além de cientistas velhos e alienados, possuía um grande objetivo: enviar o primeiro homem para o espaço sideral. Mas a descrença do governo e falta de financiamento ameaça por fim a Real Força Espacial... até que Shiro - que não destoa da paisagem de desolação e mediocridade - se encontra com uma missionária que renova sua motivação, fazendo-o seguir em frente com o programa espacial. Embora seus proprios sentimentos além de interesses obscuros do governo haverão de colocar dificuldades em seu caminho.

O mestre da ficção cientifica animada, Masamune Shirow, criador de obras primas como "Ghost in the Shell", transporta-nos, em Appleseed, para um mundo situado no pós terceira guerra mundial, mais precisamente em 2131 d. C., grande parte do planeta terra destruído e com poucas cidades remanescentes, a humanidade vive juntamente com uma raça de humanos artificiais chamados Bioroids e com muitas pessoas que devido a guerra, perderam partes do seus corpo e que foram reconstituídos.