El Enterprise transporta a un grupo de científicos que se disponen a poner a prueba el mayor experimento jamás imaginado por el hombre: la formación de vida en un planeta inerte.
El Capitán del Enterprise encuentra de nuevo a sus adversarios, los Borg, a quienes intenta impedir modificar la historia y conquistar la Tierra en el siglo XXI, por medio de un viaje en el tiempo, que impediría el primer vuelo warp de la raza humana y el consiguiente primer contacto con una raza extraterrestre: los vulcanos.
En el siglo XXIII, un misterioso poder alienígena amenaza la Tierra, evaporando los océanos y destruyendo la atmósfera. En un frenético intento para salvar a la humanidad, el Capitán Kirk y su tripulación viajan en el tiempo y regresan al San Francisco de 1986, encontrándose con un mundo de punks, pizza y autobuses de cambio exacto, que les resultan tan alienígenas como todo lo que han encontrado en los lugares más recónditos de la galaxia.
Tras años de guerra, la Federación y el Imperio Klingon se disponen a celebrar una conferencia de paz. Pero el panorama de una negociación intergaláctica, con implacables enemigos, preocupa al Almirante Kirk. Cuando una nave Klingon es atacada y responsabilizan al Enterprise, ambos mundos se preparan para el que puede ser su encuentro definitivo.
El científico Zac Hobson experimenta con una fuente de energía de extraordinario poder: un cinturón de fuerza que rodearía todo el planeta. Pero el experimento resulta mal, envía a la casi totalidad de la población a una dimensión desconocida, y el cinturón acaba sin dejar ni rastro de los seres vivos de todo el planeta. Aunque al principio Zac se desespera pensando que es el único hombre que queda vivo sobre la faz de la Tierra, pronto localiza algún superviviente más.
Tras la desaparición de Spock y la creación del planeta Génesis, la tripulación del Enterprise se dispone a localizar el cuerpo de su compañero, a petición del padre de éste.
James T. Kirk, Montgomery Scott y Pavel Chekov asisten al viaje inaugural del USS Enterprise-B, que es requerido para ayudar a un convoy de naves que se hallan atrapadas en un cinturón de energía. Debido a la inexperiencia del capitán, Kirk decide ayudar pero cuando la cubierta donde se hallaba es destruida por una ráfaga de energía, es dado por muerto.
Jean-Luc Picard, capitán del USS Enterprise, recibe un mensaje de la flota. Al parecer, el comandante Data, que se encontraba estudiando una sociedad primitiva, ha sufrido un cortocircuito y ha revelado la existencia del equipo de investigación a los habitantes del planeta Ba'Ku. Pronto descubrirá que intentaba defender a ésta sociedad inocente de las aspiraciones de los Son'a.
Todd O-POS 3465 es un soldado del futuro, entrenado para el combate desde que nació. Él y su equipo son los mejores, hasta que el Coronel Mekum decide crear una raza de guerreros perfectos a través de la manipulación genética. Al ser considerado obsoleto, Todd es abandonado en un planeta utilizado como vertedero, en el que habita un grupo de colonos olvidados. Allí, rodeado de gente sencilla, empieza a descubrir los valores de la amistad y el amor. Pero su destino le perseguirá, y tendrá que volver a enfrentarse al Coronel Mekum y sus soldados para defender a esas personas y su estilo de vida.
La policía romulana obtiene ADN del Capitán Picard y fabrican un clon, llamado Shinzon, con la finalidad de introducirlo en la Federación, pero ese plan queda en nada y envían al clon a las minas de dilitio de Remo, el planeta hermano de Rómulo, la capital del Imperio Romulano. Shinzon organiza un golpe de estado gracias a las fuerzas Remanas y su imbatible nave erigiéndose nuevo Pretor Romulano.
Ben Crandall es un niño consumidor compulsivo de películas de monstruos de serie B y cómics de ciencia-ficción que vive obsesionado con los viajes espaciales y la existencia de extraterrestres. Una noche, vislumbra en sueños los planos de un circuito electrónico y decide dibujarlo para construirlo junto a sus amigos Wolfgang y Darren. El primero es un pequeño genio capaz de traducir el sueño de Ben en un complejo programa de ordenador que funciona de verdad. El paso siguiente es crear una nave espacial casera. Los tres amigos están listos para embarcarse en una aventura inimaginable en la que viajarán hasta otra galaxia, donde tendrán contacto con una cultura alienígena que quizás no termine de ser exactamente como Ben había soñado y cuyo principal representante sólo conoce la Tierra a través de lo representado en series de televisión de los 60.
En un planeta primitivo, unos cazadores suben a bordo de su vieja nave espacial. Uno de ellos es UG, que mantiene la apariencia de una estrella de rock & roll que adquirió durante su último viaje a la Tierra. Su torpe acompañante es Cahrli McFadden, un borracho de Groves Bend, Kansas. Mientras la nave se adentra en el espacio, los cazadores reciben un mensaje que les dice que los Critters no han sido aniquilados. Mientras tanto, un hombre en la Tierra tiene un valioso tesoro: miles de huevos con manchas de extraños colores...
Dos años después de derrotar a los Decepticons, las vidas de Sam y los Autobots han cambiado mucho. Mientras Sam se prepara para ir a la universidad, sus amigos robots se han integrado en una fuerza de élite que captura a enemigos renegados. Pero todo cambia con la llegada de un malvado enemigo que, con un enrevesado plan, planea un nuevo alzamiento de los Decepticons. La humanidad vuelve a estar en peligro, y Sam y los Autobots tendrán que formar una vez más equipo para salvarla.
Un desastre de inimaginables proporciones amenaza la ciudad de Los Ángeles: un terremoto y el intenso calor que emana del subsuelo anuncian, sin lugar a dudas, la erupción de un volcán, lo que causaría una situación de caos sin precedentes en la ciudad. Mike Roark, director de la oficina de gestión de emergencias, con la ayuda de una sismóloga, la doctora Amy Barnes, intentará controlar la situación para evitar que el pánico se extienda.
Los científicos descubren que el núcleo del planeta Tierra ha detenido su movimiento giratorio, lo que causará catástrofes a nivel mundial, eliminando la vida tal y como la conocemos. Un grupo de científicos son reclutados para una peligrosa misión al centro de la tierra que pueda prevenir el fin de la vida.
La nave Enterprise se dirige al planeta Nimbus III, para negociar la liberación de unos embajadores secuestrados. Allí descubrirán que el jefe de la banda es un pariente de Spock, obsesionado por encontrar el planeta que es considerado la fuente de la vida.
La Dra. Helen Benson es sacada repentinamente de su casa por la Agencia de Seguridad Nacional, y llevada junto a otros científicos. para intentar explicar las causas de un misterioso objeto del espacio que va a chocar de forma inmintente contra la isla de Manhattan. Pero la colisión no se produce, pues el OVNI, que resulta ser una nave espacial de origen desconocido, aterriza en medio de Central Park. Las extraordinarias circustancias que siguen a tan prodigioso acontecimiento, llevarán a la Dra. Helen a conocer a Klaatu, un extraterrestre humanoide que dice llegar a la Tierra con fines pacíficos, para advertir a la población.
Una nave espacial del planeta Cynro acude a una llamada de emergencia procedente de otro planeta. Tras aterrizar, no sin problemas, en el planeta, sus habitantes, los Temianos, dicen que allí no tienen ningún tipo de problemas.
Un enorme tornado lleno de tiburones vuelve a asolar los Estados Unidos, pero en esta ocasión la dammificada es la ciudad de Nueva York. Fin y April tendrán que volver a luchar si quieren sobrevivir.