Kolmas Austin Powers -elokuva kehittelee Austinin ja Dr. Evilin konfliktin lähes kreikkalaiseksi tragediaksi. Vanhat traumat purkaa Austinin isä Nigel Powers, jota esittävä cockney-stara Michael Caine oli yksi leffasarjan innoittajista. Tarinan pahis on hollantilainen superrikollinen Goldmember, jota Austin jahtaa isänsä ja räväkän Foxxy Cleopatran kanssa.
Menevä uranainen Rafi käy psykoterapiassa kuten kaikki muutkin Manhattanin asukit. Hänen terapeuttinsa on tri Lisa Metzger, jolle Rafi uskoo uuden ihmissuhteensa intiimeimmätkin yksityiskohdat. Rafi, juuri eronnut 37-vuotias nainen, on nimittäin löytänyt lahjakkaan taitelijanalun mielitietykseen - ja mokoma komistus on vain 23-vuotias! Terapeutti saa kuulla loputtomiin kuumia yksityiskohtia parin villistä seksielämästä, mutta tri Metzgerin mielestä on vain hyvä, että Rafi saa purkaa paineita kivuliaan avioeron jälkeen. Sitten terapeutti saakin tietää, että Rafin poikaystävä on tohtorin oma poika David...
Chili Palmer päättää kokeilla taitojaan musiikkiteollisuuden parissa ja sortuu kiihkeään, juuri päiviltä päästetyn tuottajan leskeen, nappaa kovassa nousussa olevan laulajattaren kilpailevan managerin nokan edestä ja huomaa, että levybisnes pitää sisällään paljon muutakin kuin suloisia soundeja!
CIA:n konkariagentti Gaylord Oakesin täytyy värvätä kadut tunteva pikkukonna Jake Hayes, kun Jaken identtinen kaksoisveli menehtyy virantoimituksessa. Heillä on vain yhdeksän päivää aikaa suoriutua ydinaseneuvottelusta, joten Jake täytyy koulia katukundista salonkikelpoiseksi ja vakuuttaa kaikki siitä, että hän on kaksoisveljensä, jota ei koskaan edes tuntenut. Ajojahti ulottuu Prahasta New Yorkiin ja kello tikittää vääjäämättä, kun asesopimus on menemäisillään pieleen.