Aikakone perustuu H. G. Wellsin samannimiseen romaaniin (1895) ja sen tapahtumat alkavat uudenvuoden aattona 1899, kun seurue Georgen ystäviä kokoontuu illastamaan. George saapuu henkihievereissä verstaastaan ja kertoo lähes koko elokuvan kestävässä takautumassa tarinansa aikamatkasta. Kelkkaa muistuttavalla aikakoneellaan George liukuu ensin vuoteen 1917, kunnes päätyy uudelleen sodan ympäröimään maailmaan vuonna 1940. Tämän jälkeen aikakone hurahtaa tulevaisuuteen, vuoteen 1966, ja sielläkin riehuu sota - ydinsota. Täydellisestä katastrofista ihmiskunta on toipunut vasta vuonna 802701: se on kuitenkin jakaantunut kahtia, maan pinnalla eläviin elohin ja pimeydessä vaeltaviin morlokeihin. Morlokit eivät kutenkaan ole maan alle työnnettyjä työläisiä vaan riistäjiä, jotka ovat muuttaneet eloit tahdottomiksi kasveiksi. Aikakone kommentoi paratiisimyyttiä ja edistysuskoa - paratiisi näyttäytyy irvokkaana taantumuksena, josta puuttuu kehityksen edellyttämä haaste.

Liza Merrill perii hotellin New Orleansista, mutta huomaa pian, että talossa tapahtuu outoja asioita. Selittämättömiä onnettomuuksia sattuu luonnottoman usein, ja Liza tulee epäluuloiseksi. Syy onnettomuuksille näyttää olevan yhtä mystinen kuin pahaenteinenkin.

Vampyyrien ja ihmissusien taistelu jatkuu. Selene ja Michael yrittävät selvittää sukulinjojensa salaisuuksia. He joutuvat taisteluun, jonka tarkoitus on päättää sodat ja rangaista kuolemattomia.

Prologi vuosisatoja kestäneen verisen sodan historiaan kertoo mistä kaikki aristokraattisten vampyyrien ja heidän orjiensa, ihmissusien, välillä alkoi. Synkällä keskiajalla ihmissusien sorretuista laumoista nousee johtaja, nuori Lucian. Hänen nostattamansa kapina heitä julmasti sortanutta vampyyrikuningasta Viktoria ja hänen johtamaansa Death Dealer -klaania vastaan syöksee valtakunnan sotaan. Myös Lucianin salainen rakastajatar, Viktorin tytär Sonja, liittyy mukaan ihmissusien vapaustaisteluun omaa sukuaan vastaan.