Det er 20 år siden Don Diego de la Vega (Anthony Hopkins) slåss mot den spanske undertrykkelsen i Alta California som den legandariske helten Zorro. Nå har han sittet fengslet i 20 år og må finne en etterfølger som kan fortsette kampen mot Don Rafael Montero (Stuart Wilson) - den mektige tidligere guvernøren som kostet de la Vega friheten, hans kone og hans datter, Elena (Catherine Zeta.Jones). Montero planlegger å kjøpe California av den meksikanske presidenten, general Santa Anna.

Året er 1850. Territoriet California søker om å bli den 31. staten i den amerikanske unionen, men visse skruppelløse individer, medlemmer av en mystisk middelaldersk organisasjon, er innstilt på å forhindre dette. Nok en gang må den maskerte helten Zorro hjelpe Californias folk slik at de kan bli innbyggere i Amerikas forente stater.