2122년, 2천만톤의 광물과 7명의 승무원을 태우고 지구로 귀환중인 화물선 노스트로모호의 메인 컴퓨터 마더는 어떤 위성에서 나오는 알 수 없는 신호를 포착하게 된다. 마더에 의해 동면중 깨어난 승무원들은 이 신호를 조사하기 위해 혹성 LA-426에 착륙한다. 이들 중엔 2등 항해사인 엘렌 리플리도 있다. 혹성에서 정체 불명의 우주선을 발견한 그들은 탐사에 나서지만, 우주선은 이미 오래전에 파괴되어 썩고 있었으며 승무원들은 모두 미이라로 변해 있다. 사고 원인을 찾기 위해 좀 더 안으로 들어간 조사반은 여기저기 계란 모양의 물체가 있는 산란실을 발견하는데...

에일리언과의 싸움에서 간신히 살아남은 리플리는 잠든 채로 57년을 떠돌다 구조선에 의해 구출된다. 회사는 리플리를 비롯한 당시 승무원들이 노스트로모호를 잃어버린 것을 추궁하지만 에이리언 얘기는 믿지 않는다. 이때 지구와 한 혹성 거주민들의 통신이 두절되는 사건이 벌어지자 리플리는 고문 자격으로 해병대와 동행하게 된다. 혹성에 도착한 해병대원들은 곧 혹성 거주민들이 에일리언 유충의 산 먹이로 된 것을 목격하고, 곧이어 벌어진 교전에서 여러 대원들을 잃는다. 그들은 혹성 거주민들의 실험실로 대피하고, 리플리는 이곳에서 마지막 생존자인 뉴트를 발견하게 된다.

지구 시각 2673년 3월 26일, 삭막해진 세상에 모든 미련을 버린 테일러 일행을 태운 우주선이 1년 6개월만에 어느 행성의 바다에 불시착한다. 그들은 이곳이 지구에서 320광년 떨어져 있고, 오리온좌의 태양 주위를 돌고 있는 어느 이름 모를 행성으로 추측한다. 행성의 생명체 유무를 위해 사막 위의 긴나긴 탐사 여행을 하던 그들은 곧 원시인의 무리를 발견하지만, 곧 말을 타고 총을 쏘아대는 원숭이들 무리에 쫓기게 된다. 이 행성은 바로 원숭이들의 지배 하에 있었고, 인간의 모습과 거의 비슷한 원시인들은 야생 동물처럼 살고 있었다.

지구조사를 위해 우주선을 타고 지구에 온 외계인 이티는 식물 채집에 열중하다가 우주선에서 낙오되어 혼자 지구에 남게된다. 지구인들에게 쫓기던 이티는 엘리엇을 만나 그의 집에 숨는다. 엘리엇은 형 마이클, 여동생 거티와 함께 이티를 보살펴주지만 이티는 알 수 없는 병에 걸려 점점 약해져간다. 한편 이티를 추적하던 당국은 이티가 있는 곳을 알아내어 이티를 치료하며 실험용으로 관찰한다. 그러나 병이 회복되지 않아 모두 포기해버린 때에 외계인의 우주선이 보낸 전파로 인해 이티가 다시 소생하고, 엘리엇은 이티를 데리러 오는 우주선의 착륙장소에 이티를 데리고 가는데...

서기 2084년. 어느 신도시에서 광산일을 하고 사는 퀘이드(아놀드 슈왈젠에거)는 미모의 아내 로리(샤론 스톤)와 행복하게 살아가지만 밤마다 이상한 꿈을 꾸게 된다. 한 번도 가본 적이 없는 화성에서 이름도 알 수 없는 갈색머리 여자와 행복하게 살고 있는 것이 자꾸 꿈으로 나타나자 퀘이드는 리콜이라는 여행사를 찾아간다. 이곳은 싼값으로 우주 여행을 다녀온 것처럼 뇌 속에 기억을 이식시켜줌으로써 욕구를 충족시켜주는 곳. 이식을 받던 퀘이드는 커다란 충격에서 깨어나 놀라운 사실들을 알게 되는데...

뉴욕 경찰 에드워드는 용의자를 추적 중 그가 건물을 기어오르고 허공을 떠오르는 등의 장면을 목격한다. 용의자는 지구가 멸망할 것이라 주장하며 투신 자살을 하고 에드워드는 검은 양복을 입은 MIB요원 캐이를 만난다. 캐이는 에드워드의 탁월한 능력을 알아차리고 그를 비밀 요원으로 발탁한다. MIB는 지구인의 모습으로 살고 있는 외계인들을 감시하고 외계인의 정체를 보호하며 혹시라도 일반인이 그들이 외계인임을 알아차리면 기억 말소 장치를 이용해 외계인들을 보호한다. 그러나 사악한 바퀴벌레 외계인 에드가가 지구에 침투해 오면서 이민외계인들은 불안해 하는 등 동요하기 시작한다. 이 때 지구를 방문한 외교 사절이 암살당하는 사건이 발생해 은하계가 전면전에 돌입하자 지구는 멸망의 위기에 처한다. 지구를 지키고 우주의 평화를 지키기 위해 에드워드와 케이는 에드가와의 결전을 준비하는데...

미래의 지구는 인류를 종말시키려고 나타난 위협적인 형태의 외계 군단과 전쟁을 벌인다. 고등학교를 졸업한 조니 리코(캐스퍼 반 디엔)는 우주함대 사관학교에 진학한 여자 친구 카멘 이바네즈(데니스 리차드)의 환심을 사기 위하여 우주 방위군의 기동 보병에 자원 입대한다. 이때 그를 짝사랑하는 디지 플로레스(디나 마이어)도 자원 입대한다. 조니는 친구 에이스 레비(제이크 부시)와 함께 신병훈련소에서 고된 훈련을 받고, 마침내 힘든 훈련 과정을 우수한 성적으로 마친 다음 지구 방위군의 분대장으로 임명된다. 한편, 지구가 P혹성의 외계 군단으로부터 공격을 받아 조니의 고향인 부에노스아이레스가 지도에서 흔적도 없이 사라지는 사태가 발생하게 되는데...

1999년 12월 30일, 종말론자들이 말하는 지구의 종말이 이틀 남았을 때, 레니 네로는 여전히 폭력과 살인이 난무하는 거리를 헤매며 뒷골목에서 '초양기', 즉 뇌파 신경 자극 장치를 가지고 사람들의 욕구를 만족시켜주기 위해 돌아다닌다. 그러던 어느날, 아이리스라는 여자가 흑인들의 지도자격으로 우상시 되고 있는 제리코라는 랩 스타를 로스앤젤레스 경찰이 사살하는 장면이 들어있는 테이프를 그에게 주고 간다. 알려지면 폭동이 일어날게 뻔한 테이프를 본 레니는 아연 실색하고, 자신이 전에 알고 지냈던 메이시, 과거 경찰 시절 함께 일했던 맥스와 함께 사건을 해결하기로 하는데...

달라스의 한 빌딩에서 이상한 폭발 사고가 발생한다. FBI의 특수 요원 멀더(데이빗 듀코브니 분)와 스컬리(질리안 앤더슨 분)는 폭발 사고를 조사하던 중 이해 할 수 없는 여러 의문점과 함께 알 수 없는 어떤 거대한 세력이 폭발 사고에 연류되어 있다는 사실을 감지하게 된다. 한편 텍사스 평원에서 한 아이가 땅속 구덩이 속으로 떨어지는 사고가 발생하는데 사고 후 아이의 생사와 존재에 대해서는 일체 알려지지 않았고, 사고 지점은 외부 세력으로부터 일반인에게서 격리된 채 무언가 알 수 없는 연구가 진행된다. 그러나 두 사람의 육감적인 느낌은 사건의 실마리를 얻게 되고 집요한 추적 끝에 은밀한 곳에서 외계인의 실체와 그들에게 감염된 사람들을 치료하기 위해 백신을 연구하는 시설을 발견하게 된다. 보이지 않는 세력에게 쫓기면서도 서로에게 의지하며 사건을 파헤치던 멀더와 스컬리는 점점 파트너 이상의 감정을 느끼게 되는데, 이때 거대한 벌떼의 습격으로 정신을 잃게된 스컬리는 정체 모를 집단에게 납치당한다. 이제부터 멀더는 스컬리의 생명을 구하고 정부의 감추어진 음모를 밝혀내야 하는 상황 속에서 멀더는 더 큰 음모와 위험한 모험 속으로 빠져들고 있음을 느낀다.

공해문제로 심하게 공기가 오염된 행성 스페이스볼은 주변의 행성국 드루이디아의 공주를 유괴해 그 몸값으로 드루이디아의 공기를 빼앗으려고 한다. 포스가 아닌 슈와르츠라는 힘을 가진 다크 헬멧의 계략을 수포로 만들기 위해 드루이디아의 왕은 론 스타라는 우주의 건달을 고용해 공주를 구해내도록 한다.

서기 2265년, 과거 은하함선 엔터프라이즈호의 선장이었던 커크선장은 30년만에 엔터프라이즈호의 명예선장 자격으로 승선한다. 엔터프라이즈호는 항해 중, 원인을 알 수 없는 에너지 띠를 만나 폭발 직전에 처해있는 함선으로부터 다급한 조난 신호를 받는다. 경험이 풍부한 커크선장은 어쩔 줄 몰라하는 새로운 선장을 돕다 결국 수많은 인명을 살리는 대신 숨을 거두게 된다. 그로부터 80년 후, 첨단기술로 훨씬 막강해진 엔터프라이즈호는 과거 커크선장 앞에 나타났던 에너지 띠를 만나 또다시 위험에 처하게 되는데...새 엔터프라이즈호의 `피카드 선장`은 신비의 여자 `가이넌`을 통해 닥터 쏘란이 우주이데아 `넥서스`로 가고싶어 에너지 띠를 만들려 한다는 것을 알게 된다. 행성하나가 파괴될 때나 생기는 엄청난 열과 힘의 에너지 때- 감히, 닥터 쏘란은 수백억의 생명이 살고 있는 행성을 파괴하려는 무모한 작전을 감행하는데...

지구에 잠입한 외계인을 감시하는 MIB요원 제이. 요원 케이가 MIB를 떠난 후, 많은 파트너들과 호흡을 맞추지만 베테랑 케이의 빈자리가 크기만 하다. 또 다른 수다쟁이 요원 프랭크는 파트너라기보다 오히려 제이를 거추장스럽게 하며 말썽만 피울 뿐인데… 그러던 중 25년전, MIB에게 당한 복수를 위해 마이크로 우주선이 지구에 침입한다. 콜라캔 크기의 우주선에서 내린 외계 생명체는 여성지 모델로 자신을 복제하고 MIB에 침입한다. 그녀의 이름은 셀리나… MIB요원 중 일부가 셀리나와 손을 잡게 된 사실을 알게 되는 제이. 그러나 때는 이미 늦어 지구는 은하계의 전쟁에 휘말린 위험에 처하게 된다. 위기에 놓인 지구, 요원 제이는 요원 케이의 도움을 필요로 하게 되고 제이는 케이의 기억을 복구시키려 갖은 애를 쓰는데…

오스틴 파워(Austin Powers/Fat Bastard: 마이크 메이어스 분)는 호시탐탐 지구의 평화를 위협하는 인류의 적 닥터 이블을 물리치기 위해 종횡무진 활약하는 영국의 비밀요원. 1967년에 그는 냉동로켓을 타고 우주로 사라진 닥터 이블을 잡기 위해 냉동인간이 되어 30년을 기다린 끝인 1999년, 오스틴 파워는 닥터 이블(Dr. Evil: 마이크 메이어스 분)에게 긴 잠을 선사하고 행복한 결혼에 골인하여 눈부시게 멋진 아내 바네사 켄싱턴(Vanessa: 엘리자베스 헐리 분)과 신혼의 단꿈에 젖어있었으나, 바네사는 닥터 이블이 보낸 사이보그였다. 냉동로켓을 타고 다시 지구로 돌아온 닥터 이블은 지구파괴 음모에 방해가 되는 오스틴을 제거할 새로운 계획에 착수한다. 1969년으로 돌아가 냉동된 채로 있는 오스틴에게서 힘의 원천인 모조(Mojo)를 훔쳐내면, 지구정복은 식은 죽 먹기인 것이다. 1969년으로 시간 이동한 닥터 이블은 냉동인간 오스틴 파워에게서 모조를 훔쳐내는데 성공한다. 한편 바네사를 잃긴 했지만, 되찾은 싱글의 자유로움을 즐기느라 여념이 없는 오스틴에게 그야말로 청천벽력과 같은 일이 벌어진 것이다. 곧장 1969년으로 향한 것은 당연. 오스틴은 그곳에서 아름답고 섹시한 CIA 요원과 만나지만, 힘의 원천을 잃어버린 그에게 색웰(Felicity Shagwell: 헤더 그레이엄 분)의 접근은 오히려 부담이다. 한편, 닥터 이블은 달기지에 레이저 빔을 설치하고 또 다시 지구정복 음모를 꿈꾼다. 달의 요새로 향한 이블을 쫓아 우여곡절 끝에 달에 도착한 오스틴은 가까스로 이블을 제거할 기회를 얻지만, 승리의 순간을 눈앞에 두고 선택의 기로에 놓이게 된다. 색웰을 인질로 지구와의 선택을 요구하는 이블. 내키지는 않지만, 오스틴은 지구를 구하기 위해 색웰을 포기한다. 지구는 위험에서 벗어나고, 드디어 이블의 종말을 보게 되나 싶었는데. 최후의 순간, 그는 색웰을 살릴 수 있는 조건을 제안한다.

불모의 사막지대로 이루어진 모래 혹성 아라키스에는 우주에서 가장 중요한 물질인 스파이스가 있다. 스파이스는 인간 생명을 연장시키며 인간의 의식 세계를 확장시켜 주는 물질이다. 우주 여행 조합의 항해자들은 이 스파이스를 이용해 4천년 동안 진화를 거듭해왔으나 최근에 이르러 스파이스 생산에 지장을 초래할 만한 혹성을 발견하게 된다. 그중 한 혹성에 머물고 있는 우주황제 샤담 4세에게 안정적인 스파이스 생산에 협조할 것을 요청하게 되는데...

미국에서 영국으로 공수 중이던 문레이커가 공중에서 탈취를 당한다. 조사를 맡은 007은 문레이커를 개발, 제조한 장본인인 드랙스가 배후의 인물임을 알아낸다. 드랙스 산업기지에 위장 취업한 CIA 요원 굿헤드와 연합으로 조사하던 중 드랙스가 인간만을 죽이는 독가스로 지구를 깨끗이 청소한 뒤 선택받은 젊은 남녀들로 신인류 제국을 건설하려는 야망을 가지고 있다는 것을 알아낸다. 007과 굿헤드는 몰래 그들 틈에 숨어 드랙스의 우주 기지로 날아간다. 레이더 방해 장치를 파괴하여 지상에 이곳의 존재를 알린 007과 굿헤드는 발사된 독가스 캡슐을 걱정한다.

이제, 엄청나게 거대하고 포악한 퀸 에이리언과, 최강의 전사로써 에이리언을 하나씩 사냥해가는 프레데터 리더 스칼의 어마어마한 전투가 시작된다. 상상을 초월하는 외계종족의 전투지 한가운데에 홀로 남겨진 렉스. 그녀는 다시 지구가 초토화되는 비극을 어떻게 해서든 막아야만 하는데...

서기 2029년, 우주정거장에서는 인류의 종의 기원을 밝히기 위한 연구가 진행 중이다. 인간들은 훈련 받은 침팬지를 이용해 비밀을 밝힐 소 우주선을 은하계로 내려보낸다. 하지만 우주선이 레이더에서 사라지는 사고가 발생하고, 공군 대위 레오 데이비슨(마크 월버그)이 긴급 출동하지만 계기판이 작동을 멈추고 이상한 힘에 이끌려 우주선은 이름 모를 행성의 늪지대에 추락한다. 레오가 도착한 행성은 원시의 모습을 가지고 있는 암울한 곳으로, 그곳에 살고 있는 인간들은 유인원에게 길들여져 멸시당하고 노예와 같은 비참한 생활을 하고 있는데…