Itaalia kalalaeva meeskond päästab amneesiaki, kui see ujub merel. Tal ei ole identiteeti ega minevikku, kuid tal on terve rida erakordseid andeid keele-, võitlus- ja enesekaitsekunstis, mis viitavad riskikutsele. Segaduses ja segaduses teeb ta meeletu otsingu, et teada saada, kes ta on ja miks on tema elu võtnud sellise ohtliku pöörde.

Jason Bourne'i minevik tuleb tema jaoks tagasi. Kolme filmi saaga teises osas, mis põhineb Jason Bourne'il, endisel CIA agendil, kes kaotab mälu ja kui ta üritab seda taastada ja teada saada, kes ta tegelikult on, satub ta spionaaživõrku ja valitsuse manipuleerimine Ameerika Ühendriikide poolt, kus teda jälitavad kutselised tapjad, poolsõjaväelised palgasõdurid ja endised CIA seltsimehed. Film algab Indias Goa osariigis, kus Jason ja Marie on läinud elama Treadstone'i eest peitu, kuid seal asub ka endine ettevõte agent otsib ja jälitab neid ning jälitab neid. Jason Bourne alustab oma seiklust oma mineviku avastamisega, mäletades osa sellest ja jälitades esindajat, kes samuti poseerib temana.

Michael Jennings (Ben Affleck) on geniaalne insener, kes töötab kõrgtehnoloogiaettevõtte spetsialiseeritud projektide kallal. Iga kord, kui ta mõne töö lõpetab, kustutatakse tema mälu, nii et ta ei saaks ettevõtte saladusi avaldada. Kõrgelt tasustatud Jennings loodab teenida 90 miljonit dollarit oma viimase projekti eest, mille kallal ta on kolm aastat töötanud. Kuid kui tsekk on täidetud, öeldakse talle, et ta nõustus ise oma makse ära jätma. Kustutatud mäluga nagu eelmistes töödes, proovib Jennings koos elukaaslase ja väljavalitu Racheli (Uma Thurmani) abil välja selgitada, mis kogu selle aja jooksul juhtus, millest ta midagi ei mäleta?