«مارتی مک فلای» که به تازگی از گذشته برگشته دوباره توسط «دکتر امت» به اینده فرستاده میشود تا از به زندان افتادن پسرش در اینده جلوگیری کند اما متاسفانه اوضاع خراب تر میشود...

در سال ۱۹۹۵ «مارتی مک فلای» یک نامه از دوست خود «دکتر امت براون» دریافت میکند، و محتویات نامه به مارتی کمک میکند که ماشین زمان را پیدا کند. مارتی با استفاده از ماشین زمان به غرب قدیم میرود و توجه میشود که دوستش به دست ارازل و اوباش افتاده است و ...

قرن 23 است. کشتی ستاره ای فدراسیون ایالات متحده آمریکا اینترپرایز در حال انجام مانورهای آموزشی معمولی است و دریاسالار جیمز تی کرک به نظر می رسد از این واقعیت که این بازرسی آخرین ماموریت فضایی دوران حرفه ای او باشد، ناامید شده است. اما خان برگشته است. خان - مرتد درخشان زمین قرن بیستم - با کمک گروه تبعیدی خود از ابرمردان ژنتیکی، به ایستگاه فضایی رگولا یک حمله کرد، یک دستگاه فوق محرمانه به نام پروژه پیدایش را دزدید، کنترل کشتی ستاره دیگری فدراسیون را به دست گرفت و در تعقیب اینترپرایز تصمیم گرفت. اجازه نمی دهد هیچ چیز مانع از انجام مأموریت او شود: دریاسالار کرک را بکشد... حتی اگر به معنای آرماگدون جهانی باشد.

داستان برگرفته از رمان معروف" ژول ورن" و در مورد کاپیتان “نمو” منزوی است که زیردریایی عظیم خود، “ناتیلوس” را برای اسیر کردن تعدادی ماجراجو به خطر می‌اندازد ...