Vaatajateni jõuavad taas maailma ühed kõige tuntumad mänguasjad, kauboi Woody ning kartmatu kosmoseavastaja Buzz Valgusaasta. Kuna nende peremehest Andyst on saamas tudeng, on lelude tulevik täis ootamatusi, kui nad maanduvad lastesõimes, kus põnnid ei jõua ära oodata, et saaks oma pisikesed kleepuvad näpud “uute” mänguasjade külge. See on täielik kaos, ent meie kangelased püüavad siiski kokku jääda, sest nad on alati tegutsenud vastavalt põhimõttele “ühtegi lelu maha ei jäeta”.
Lõvi Alex, sebra Marty, kaelkirjak Melman ja jõehobu Gloria on ikka veel Madagaskaril, kuid vahepealse aja jooksul on sündinud sedavõrd hullumeelne plaan, et see võib isegi toimida. Nimelt on suutnud ettevõtlikud pingviinid seada töökorda vana lennukivraki ning nüüd kavatsevad sõbrad sellega tagasi koju lennata. Paraku püsib sõiduk õhus ainult natuke aega, millele järgneb hädamaandumine Aafrika südames. Seal kohtavad nad esmakordselt elus liigikaaslasi ning tutvuvad oma juurtega.
Peter LaFleur (Vince Vaughn) on keskmise pankrotti mineva keskuse Joe võimla omanik. Spordisaali klientuur on hõre ja sinna kuulub Steve "Piraat" - mees, kes arvab, et ta on piraat; Justin Redman, krapsakas poiss, kes unistab muljetada cheerleaderist, kes on tema võimalustest valgusaastate kaugusel; Gordon Pibb, rasvunud spordifänn; Owen, noormees ilma paljude tuledeta; ja Dwight Baumgarten, suitsetajast teadlik inimene, kellel pole õrna aimugi. Peetri alandlikule jõusaalile heidab pilgu White Goodman (Ben Stiller), spordistaar ja egotsentriline jõusaali Globe - jõusaali särava templi omanik Globe.
Tegemist on järjekordse Rowan Atkinsoni menukomöödiaga, kus seekord kajastab ta salaagendi rolli. Kui varastatakse Tema Majesteedi kroonijuveelid on Johnny Englishil (Rowan Atkinson) hea võimalus näidata enda oskusi. Ta on ainus, kes kahtlustab et salakavala plaani taga seisab mõjuvõimas prantslane Pascal Sauvage (John Malkovich). Kiired autod, superagentidele omane tipptehnika ja ohtlik iludus – eriagent Lorna Campbell (Natalie Imbruglia) panevad mitte kõige vilunumal Englishil pea tõsiselt ringi käima. Sel mehel pole võib-olla aimugi, kuidas olla kolleeg 007 vääriline agent, aga vähemalt ta üritab kõigest väest… tehes seda aeg-ajalt katastroofiliste tagajärgedega