Este filme conta-nos a história da 2ª metade da série de Tengen Toppa Gurenn Lagann, com algumas alterações na história. Passa-se 7 anos depois da batalha de Teppelin, quando os humanos voltaram a murar à superfície e passam por um momento de paz e prosperidade, até que de um momento para o outro, um novo inimigo surge e a Brigada Dai-Gurenn tem de se reunir uma vez mais.
Em 2015 a humanidade enfrenta a maior ameaça de sempre: uns seres misteriosos, chamados Anjos, que semeiam o pânico e a destruição por onde passam. Ninguém conhece a sua origem nem os seus motivos. Com o intuito de deter esta ameaça fatal as Nações Unidas encarregaram a organização secreta Nerv de criar uns andróides gigantescos, os Evangelions. É a batalha final entre a raça humana e os Anjos.
Século Universal 0087. Os Titãs, uma facção belicosa entre as Forças da Federação Terrestre, tornam-se poderosos e tirânicos, mesmo usando gás venenoso para suprimir uma agitação civil. Soldados dissidentes do mesmo exército estão contra eles, formando um grupo de resistência chamado AEUG. Kamille Bidan, um estudante civil, fica enredado nesse conflito quando ele impulsivamente rouba o Gundam Mark II e se junta ao AEUG, fugindo de sua colônia espacial. Então ele começa a lutar junto com Char Aznable, um ex-piloto ace de Zeon que se infiltrou na esfera da Terra por motivos próprios. Esta é a primeira parte da trilogia característica derivada da série de anime Mobile Suit Zeta Gundam, e apresenta animações e temas temáticos melhorados por GACKT.
Século Universal 0087, quando a guerra civil entre o AEUG e os Titãs continua, Kamille conhece uma garota misteriosa chamada Four. Mas seu encontro com Four, um dos "cyber-newtypes" dos Titãs, enche seu coração de angústia. O amuado Kamille luta para voltar ao espaço para encontrar o novo celular Z Gundam esperando por ele. Enquanto isso, Paptimus Scirocco, o homem de Júpiter, adicionou sua força à dos Titãs. E um terceiro poder está finalmente fazendo seu movimento, na forma dos remanescentes de Zeon da Axis... Com animação aprimorada e uma música tema de GACKT, o romance trágico de Kamille e Four se desenrola nesta segunda parte do Mobile Suit Zeta Gundam trilogia característica.
Vindo de uma família de expatriados, Hugo muitas vezes precisa se mudar. Mayotte é o seu próximo destino. Lá, ele descobre a dificuldade em viver sendo branco: as favelas, calor, como entender o mundo e as relações.