인디언 보호구역에서 탈출한 아바치족 추장 울자나와 그 부족의 전사들은 보란 듯이 약탈을 감행하며 어딘가로 향하고 풋내기 중사와 노련한 정찰병 맥킨토시(버트 랭카스터)는 서둘러 그들을 추적한다. 아직 현실과 괴리된 이상에 빠져있는 중사는 서로 죽이고 죽는 과정이 되풀이되는 상황들을 이해하기 힘들어한다. 거칠고 위험한 추격전에 계속되는 사이 맥킨토시는 중사에게 폭력을 퇴치하기 위한 방법을 몸소 가르쳐준다. 점차 잔혹한 폭력성과 야만성을 드러내는 아파치족과 맞서기 위한 유일한 방법, 그것은 그들의 힘보다 훨씬 더 강한 힘 뿐이라는 것이다.

아파치 요새는 본부대에서 떨어진 작은 요새로 남북 전쟁에 참전했던 보잘것없는 무리들이 모여 있다. 이 부대에 새로운 사령관인 오웬 더스데이 중령(헨리 폰다)이 그의 사랑스러운 딸 필라델피아를 데리고 부임한다. 그는 새롭게 부임한 요새에 대해 치욕감을 느끼고 자신이 명예를 회복하고 자신이 능력 있는 지도자임을 증명하기 위해 고심한다. 결국 그의 야심은 부하들과의 갈등을 야기시킨다. 필라델피아가 하사관 아들인 젊은 중위 마이클과 사랑에 빠지면서 그의 속물근성은 딸과의 사이도 악화시킨다. 그러나 가장 큰 사건은 더스데이 중령이 자신의 야망을 성취하기 위해 경험 많은 요크 대위(존 웨인)의 충고를 무시하고 아파치와의 전쟁을 꾀하면서 일어난다.

남북 전쟁이 끝나갈 즈음 뉴 멕시코의 한 요새에 고립된 던디 소령. 남군 포로들과 죄수들 관리가 주업무인 던디 소령에게 큰 시련이 닥친다. 아파치 인디언들이 기병대를 몰살한 뒤 여자와 아이들을 멕시코로 데려 가는 것이다. 부대의 인원으로는 추적은 물론 전투도 불가능한 상태. 마침내 죄수와 포로들은 자유를 조건으로 던디 소령과 함께 아파치에 대항하여 장렬한 전투를 치르게 되는데...

토드는 자신의 아내와 두 어린 자식을 죽인 사람들을 복수하기로 결심한다. 백인이었던 그는 코만치족의 인디언이 되었고, 20여 년간 아파치 족 등과 싸우면서 황무지에 살게 된다. 가족의 원수를 처치하던 중, 그들 중 한명에게 붙잡혀 끌려가게 되고 포장마차 일행을 만나 동행하게 된다. 하지만 포장마차 일행은 아파치의 습격을 받아 몰살되고, 아이들 몇 명만 남게 된다. 아이들은 토드를 경계하지만 언제 공격할지 모르는 인디언과의 사투 과정에서 차츰 연민의 정을 느껴 마음을 열게 되고, 일행은 살아남지만 토드는 나중에 재판을 받게 된다. 재판 과정에서 그의 진술은 감동적인 법정연설이 된다.

5년 동안 미국의 보호 연방 지역에서 저항하는 인디언들과 이들의 두목 제로니모 체포작전에 데이비스 소위(맷 데이먼)와 게이트우드 중위(제이슨 패트릭)가 파견된다. 제로니모(웨스 스투디) 는 인디언에 대해 편견을 가지지 않은 두 사람을 신뢰한다. 잠시 잠잠한 듯하더니 파견중인 군대가 싸움을 부추기는 무당을 죽이는 사건이 발생한다. 두 장교와의 약속을 어기고 인디언들을 데리고 다시 잠적해버리는 제로니모. 많은 인디언들을 데리고 다니던 제로니모는 식량을 약탈하기 시작한다. 데이비스와 게이트우드가 최종협상을 시도하지만 제로니모는 이를 거절한다. 책임을 느낀 크룩 장군(진 헤크먼)은 사직하고 후임으로 마일스 장군(케빈 티게)이 부임한다. 마일스는 케이트웃한테 아파치의 생계 보장을 조건으로 제로니모를 마지막으로 설득시킬 것을 명령한다. 제로니모는 케이트웃을 만나자 더이상 싸울 수 없음을 예감한다. 1886년 9월 5일 마침내 제로니모는 35명의 아파치를 이끌고 연방군에 투항하는데...

아파치족 인디언 마사이는 족장 제로니모가 백인들에게 항복한 후 부족의 다른 전사들과 함께 플로리다로 강제 압송된다. 끝까지 투쟁을 포기하지 않은 마사이는 도중에 탈출하여 부족에게 돌아가는데, 여행 도중 오클라호마에서 체로키 인디언들이 백인들과 동등하게 살고 있는 모습을 보게 된다. 마사이는 체로키 인디언이 준 옥수수 씨앗을 들고 부족들에게 새로운 삶을 설득하려 하지만 술에 찌들어 타락한 새족장 산토스는 그를 미군들에게 넘겨버린다. 다시 탈출한 마사이는 산토스의 딸 나린레를 납치하여 도망간다. 예전부터 그를 사랑하던 나린레는 마사이와 함께 산속에서의 생활을 시작하고, 두 사람은 옥수수 밭을 일구며 새삶을 준비한다.

전직보안관 후커와 도박사 피스크 그리고 총잡이 테일러등 세 서부사나이는 미모의 부인 리아로부터 금광에 묻힌 남편을 구해주면 사례를 하겠다는 제의에 응한다. 그들은 이 여행이 매우 위험하고 오래 걸릴 거라는 걸 알았지만 거절하기엔 사례금이 너무 매혹적이었다. 악의 화원이라 불리는 인디언 지역에서 그들은 리아의 남편을 구하나 그가 다시 금광으로 돌아오다 인디언의 활에 맞아 죽는다. 험준한 산길에서 인디언의 습격을 받게 되자 피스크는 부인을 데리고 떠나라 하지만 서로 남겠다고 한다. 결국 제비를 뽑아 피스크는 남게 되고 후커는 부인을 데리고 떠난다.

1868년 미국 애리조나에서 아파치와의 전쟁 중, 미 육군 대위 브루스 코번은 아파치 웰스로 이동하는 민간인들을 보호하는 임무를 맡고 있다. 그러나 보딘 상병이 이끄는 한 무리가 수송된 연발총을 훔치면서 코번의 임무에 문제가 생긴다. 코번은 보딘을 포함한 탈주자들을 잡기로 한 아파치 웰스로 가까스로 돌아온다. 하지만 보딘은 코번이 이미 무기를 되찾고 탈주자들을 사살한 사실을 모른 채 코치즈와 무기를 건 협상에 나서게 된다. (채널 더 무비)