Lauva vārdā Alekss dzīvo Ņujorkas Centrālparka zoodārzā un kā jau lauvām pienākas jūtas tur kā karalis. Viņš un viņa labākie draugi zebra vārdā Mārtijs, žirafe vārdā Melmens un nīlzirdzene Glorija visu savu dzīvi ir pavadījuši šajā idilliskajā nebrīvē, saņemot zoodārza apmeklētāju apbrīnu un regulāras ēdienreizes. Draugiem nezinot, Mārtijs kaļ plānus par bēgšanu un ar dažu apbrīnojami uzņēmīgu pingvīnu palīdzību, viņam izdodas izrauties pasaulē, kuru viņš jau sen ir sapņojis iepazīt. Alekss, Melmens un Glorija seko viņam, taču pirms viņi paspēj apostīt brīvības gaisu, viņi tiek notverti, iepakoti lielās koka kastēs un nosūtīti uz Āfriku. Kad pingvīni sabotē kuģa komandu, Alekss, Mārtijs, Melmens un Glorija attopas izskaloti eksotiskās Madagaskaras salas krastā. Nu četriem ņujorkiešiem jātiek skaidrībā, kā izdzīvot savvaļā, atklājot, ko patiesībā nozīmē izteiciens "tur laukā ir īsti džungļi".
Ledus laikmets tuvojas beigām un dzīvnieki par to ir ļoti priecīgi: paradīzes ūdens parki, kuri veidojušies pateicoties geizeriem un notekgrāvji, pildīti ar karstiem dubļiem. Bet, kad Menijs, Sids un Diego apjauš, ka kūstošie ledāji rada plūdu apdraudējumu visai dzimtajai ielejai. Viņi par savu pienākumu uzskata brīdināt visus par tauvojošajām briesmām, kā arī mēģināt rast izeju no tik sarežģītas un bīstamas situācijas.