Under konstant angrep av uhyrlige skapninger kalt engler som prøver å utrydde menneskeheten, introduserer U.N. Special Agency NERV to nye EVA-piloter som skal hjelpe til med å forsvare byen Tokyo-3: den mystiske Makinami Mari Illustrous og den intense Asuka Langley Shikinami. I mellomtiden fortsetter Gendo Ikari og SEELE med et hemmelig prosjekt som involverer både Rei og Shinji. Filmen fikk tittelen "Evangelion: 2.22" for DVD / Blu-ray-utgivelsen.
Kan man være sammen selv om man er adskilt? Et tilfeldig møte fører til en uskyldig flørt, og i løpet av bare to uker er John Tyree stupforelsket i Savannah. Men John er yrkessoldat og blir snart kalt ut til nok en av verdens mange kriger. Kan et forhold vedvare når papir og penn erstatter fysisk kontakt? Kommer kjærligheten til å overleve?