بعد أن تقطعت السبل بكائن فضائي لطيف على الأرض ، يكتشفه صبي صغير اسمه إليوت ويصادق عليه. بعد إحضار الكائن الفضائي إلى منزله في إحدى ضواحي كاليفورنيا ، يقدم إليوت ET ، كما يطلق على الأجنبي ، لأخيه وأخته الصغيرة ، جيرتي ، ويقرر الأطفال الحفاظ على سرية وجودها. ومع ذلك ، سرعان ما بدأ إي. يصاب بالمرض ، مما أدى إلى تدخل الحكومة ووضع مؤلم لكل من إليوت والأجنبي.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).
يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.
خلال أربعينيات القرن العشرين، تعاون النازيون مع الراهب (راسبوتين) في بناء بوابة بمثابة ثغرة على العوالم الأخرى، تتيح لهم البوابة استدعاء كائنات رهيبة لتدمير أعدائهم.. ترسل الولايات المتحدة فريقًا لتدمير البوابة وينجحون في مهمتهم، ولكنهم يكتشفون تسلل طفلٍ صغيرٍ من هذه الكائنات يرعونه ويطلقون عليه (هيل بوي). بعد مرور 60 عامًا، نشاهد فريق الخارقين ومنهم (هيل بوي) والذي أصبح راشدًا، متعاونًا مع البشر في التصدي للأشرار، بينما في تلك الأثناء يعود (راسبوتين) للحياة، ويقوم بتحرير وحشٍ رهيب، ويصبح على الفريق أن يتصدوا للرعب القادم من أعماق الجحيم.
في إحدى المستعمرات السرية التي يتم إجراء تجارب لابتكار أسلحة بيولوجية جديدة يتسبب فيروس غامض تسرب من المنشأة في تحويل العاملين إلى زومبي، ويؤدي هذا إلى هروب حيوانات متحولة جينياً، يتم إغلاق الحاسوب الرئيسي المسيطر على المنشأة، وإرسال فريق متخصص لمواجهة الكارثة، يقابل الفريق الفتاة (أليس)؛ التي فقدت ذاكرتها بسبب التعرض لغاز سام، وتحاول مساعدتهم في السيطرة على الوضع والكارثة المحققة.
تستيقظ (أليس) من غيبوبة لتجد أن أسوأ مخاوفها قد تحقق؛ حيث إن المرض الذي كافحت مع فرقة الجنود في محاولة السيطرة عليه، قد خرج من القاعدة وتفشي في المدينة المحيطة بها، ليحول سكانها من الموتى الأحياء والمتوحشين. كما تكتشف أنها من الأساس نتاج تجربة علمية ومحسنة وراثيا، مما يعطيها قدرات وقوة خاصة، فتحاول، بمساعدة قوة من البشر المتبقين، التصدي لهولاء الوحوش.
تدور أحداث الفيلم في سنة 2018، عندما تصبح ماكينات (سكاي نت) مهيمنة على العالم، والأمل الأخير لإنقاذ البشرية هو (جون كونر)، حيث يرافق (جون) مسجون من الماضي اسمه (ماركوس ريت)، ويحاولا وقف (سكاي نت) قبل أن تدمر ما تبقى من الإنسانية.