Sõjaeelses Itaalia väikelinnas põrkab kukerpallitava fantaasiaga juudi raamatukaupmehe seikluslik armastuslugu kokku selle sajandi suurima hävituslooga. Mees viiakse koos väikese pojaga koonduslaagrisse just poisi sünnipäeval. Et mitte alla anda, mitte uppuda käsitamatus ebainimlikus hiigellaines, et anda lapsele mingigi elusädet alal hoidev stiimul, sisendab isa pojale, et kogu lugu on vaid mäng, kus vastupidamise eest antakse punkte - varsti-varsti lõpebki, pea vastu, meie juhime edetabelit!
Esimene peatükk - Vietnami sõda. Mereväe treeninglaagrisse Parrise saarele Lõuna-Carolinas saabub uus grupp Mereväelasi. Sealseid vägesi juhatav seersant on karmikäeline ning tema ainsaks eesmärgiks on teha hoolealustest armutud tapamasinad. Teine peatükk - Parrise saarel treeninud Mereväerühma liige on töötamas Vietnamis sõjareporterina. Sõja kõige verisema lahingu eelõhtul saadetakse ta riigi pealinna lugu kirjutama. Seal kohtub ta liitlasvägede salkadega, mille liikmete seas on ka tema endisi treeningkaaslasi. Kuid ta satub koos rühmaga tule alla ning on sunnitud siiski sõjast võitlejana osa võtma.
Meie ajastu 33. aasta. Rooma provintsis Judea hakkab salapärane puusepp nimega Jeesus Naatsaretlane kuulutama "Jumala kuningriigi" saabumist ja ümbritseb end alandlike kalurite rühmaga: apostlitega. Juudid on sajandeid oodanud Messia tulekut - ilmutuslikku kuju, kes vabastaks oma püha kodumaa ja kehtestaks uue õiglusel põhineva korra. Jeesuse õpetused meelitavad kohale suure hulga järgijaid, kes tunnevad Teda Messiana. Olukorrast ärevuses arreteerib Sanhedrin ühe kaheteistkümnest apostlist Juudas Iskarioti abiga Jeesuse. Rooma-vastases riigireetmises süüdistatuna antakse Kristus Pontius Pilaatusele, kes mõistab rahutuse vältimiseks tavalise kurjategijana ristil surma.
Masinad palaanivad rünnata Zeoni, ainukest linna, kus on veel inimesi. Matrixisse ilmub tagasi eelmises osas hävitatud programm Smith (Hugo Weaving), mis on leidnud võimaluse ennast paljundada.
Planeet Maa kaitsesüsteemid tõrguvad, tabades kõiksugu häired üle terve atmosfääri. Üsna pea ilmuvad radaritele maavälised objektid, mida algul peetakse meteoorideks. Hiljem selgub, et tegu on kosmoselaevadega, mis on tulnud suuremate linnade kohale hävitust külvama. 4. juulil, iseseisvuspäeval koguneb rahvas ohus oleva Maa eksistentsi eest võitlema...
Masinad jõuavad viimaks Zeoni. Algab lahing maa saatuse üle. Samal ajal on programm Smith (Hugo Weaving) Matrixi hävingu äärele viinud. Neo (Keanu Reeves) läheb masinate linna, et seal masinatele ettepanek teha: Tema hävitab Programm Smithi, kui masinad nõustuvad inimestega rahu tegema.