28 uker senere, oppfølgeren til den enormt populære 28 dager senere, plukker opp tråden seks måneder etter at det forferdelige viruset har utslettet alt normalt liv på det britiske fastlandet. Den amerikanske hæren erklærer kampen mot smitten for vunnet og at gjenoppbyggingen av landet kan starte. Når den første strømmen av flyktninger vender tilbake, blir en familie gjenforent - men en av dem bærer uten å vite det på en fryktelig hemmelighet. Viruset er ikke ødelagt, og denne gangen er det farligere enn noensinne.
En mystisk epidemi brer seg med foruroligende fart over hele verden og gjør at folk forandrer personlighet på skumleste vis. Psykiater Carol Bennell i hovedstaden Washington og kollegaen Ben Driscoll får vite sannheten om den voksende epidemien, men det er allerede snart for sent. Utbredelsen skjer så raskt at det snart er umulig å vite hvem man kan stole på. Carols eneste håp er å holde seg våken lenge nok til å finne igjen sønnen sin. Han kan ha løsningen som stanser en ødeleggende invasjon.
En TV-reporter og en kameramann er fanget inne i en bygning som er satt i karantene av CDC, etter utbruddet av et mystisk virus som gjør mennesker til blodtørstige mordere.