Le vaisseau spatial l'ISS3 (l'unité spéciale des forces de défense de la Terre) patrouille à travers l'espace. Le rôle de cette unité spéciale est de développer une nouvelle technologie spatiale ainsi que de protéger la Terre contre les planètes agressives ou bien encore de repérer les problèmes sur la Terre elle-même, grâce à son observation ininterrompue. Un jour, une lumière étrange se forme autour de la Terre tandis que des lettres lumineuses apparaissent dans le ciel. Afin de percer le mystère de ce message, le chef des forces de défenses de la Terre décide de créer une équipe spéciale comprenant des combattants et des scientifiques : la force d'intervention scientifique de défense urgente.
En mer de Béring, une petite île est la proie d’étranges oiseaux carnivores se nourrissant de ses habitants. Lorsque l’un de ces "Gyaos" subit une mutation physique au contact de la matière radioactive, la situation dégénère. Tokyo se retrouve alors la proie de la créature gigantesque qui cherche un nouveau territoire de chasse. Face à cette menace, le gouvernement va devoir se résoudre à s’allier avec le prédateur ancestral de l’oiseau : le Gamera. Mais une alliance est-elle vraiment possible ?
Une forme de vie amorphe flottante descend de l'atmosphère pour consommer du carbone sous forme de diamants.
Le film se focalise sur les origines d'Ultraman qui devient ami avec un petit garçon appelé Musashi. Il est basé sur la série télévisée Ultraman Cosmos et a pour suite Ultraman Cosmos 2: The Blue Planet puis Ultraman Cosmos vs Ultraman Justice: The Final Battle.
Le 29 septembre 1979, l'Agence d'exploration interstellaire lance une fusée japonaise, le JX-1 Hawk, dans l'espace lors d'un voyage de neuf mois pour étudier sur la planète Saturne. Une fois cette sortie terminée, l'équipage se voit confier une nouvelle mission spatiale après que les scientifiques ont découvert une étoile, nommée « Gorath » l'Union astronomique internationale, dont le mouvement devient incohérent. En analysant la trajectoire de Gorath à travers le système solaire, l'équipage du JX-1 Hawk découvre qu'elle est certes plus petite que la Terre, mais 6 000 fois plus dense. Il parvient à transmettre ses données vers la Terre avant qu'un énorme puits gravitationnel ne se forme et l'absorbe avec le vaisseau.
Un groupe de réfugiés tente de recoloniser la Terre 20 000 ans après sa conquête par Godzilla. Mais un jeune homme est bien déterminé à prendre sa revanche.
Une autoroute est en pleine construction dans une forêt non loin du mont Fuji. Gyaos, une créature géante réfugiée dans une grotte, tirée de son sommeil par les travaux, détruit aussitôt un hélicoptère de l'Onu. Un jeune garçon manque d'être tué par le monstre mais il est sauvé par l'arrivée de Gamera...
Kanako, une starlette de la chanson à la carrière éphémère, décide de revenir vivre dans son village d’enfance qui abrite la tombe d’un «Kappa». Mais lorsqu’un groupe de jeunes ivres en voiture percutent la tombe sacrée pour l’envoyer dans l’eau, c’est la divine créature qui revient à la vie. Pendant ce temps, la petite fille d’un scientifique fou continue les expériences de son ancêtre visant à créer des soldats mutants mi-homme mi-poisson. L’explosion accidentelle d’une bombe atomique va créer une version géante d’un soldat mutant qui va dès lors détruire la ville. Heureusement, le Kappa a lui aussi muté en une créature géante pour lui mettre une bonne raclée au milieu des buildings.
Les tremblements de terre en Corée du Centre s'avèrent être le travail de Yongary, un reptile préhistorique qui se nourrit d'essence. Il émerge alors et détruit Séoul.
Un Kaiju géant menace faire d'énorme dégâts. Mais alors que les différentes puissance mondiales tentent de le stopper, d'autres monstres géants apparaissent.