هری سومین سال را در مدرسه هاگوارتز سپری میکند و مشکلات جدیدی در انتظار او هستند. قاتل محکوم، سیریوس بلک از زندان جادوگران گریخته است و اکنون به دنبال هری می‌آید.
داستان در مورد پسری به نام هری پاتر است که پیش خاله و شوهر خاله‌اش زندگی میکند، زیرا پدر و مادرش سال‌ها قبل در یک تصادف کشته شده‌اند. هری پاتر که در این ۱۰ سال زندگی پیش خانوادهٔ دورسلی تحقیر را تحمل کرده، با افشای یک راز توسط فردی عجیب، ناگهان خود را جادوگری می‌یابد که بزرگ‌ترین جادوگر قرن را از بین برده است. امّا این جادوگر که ولدمورت نام دارد هنوز نابود نشده است و کمر به قتل پسری بسته است که زنده ماند.
هیولاها تصمیم می‌گیرند برای تامین برق موردنیاز شهر، کودکان را بترسانند و از صدای جیغ آنها برق تولید کنند. هیولاها از برخورد با کودکان وحشت دارند، اما یک روز به طور اتفاقی یکی از کودکان وارد دنیای هیولاها میشود و...
«مارتی مک فلای» که به تازگی از گذشته برگشته دوباره توسط «دکتر امت» به اینده فرستاده میشود تا از به زندان افتادن پسرش در اینده جلوگیری کند اما متاسفانه اوضاع خراب تر میشود...
هری در چهارمین سال تحصیلش، به طور مرموزی به عنوان یکی از مسابقه‌دهندگان در یک رقابت خطرناک میان سه مدرسه‌ی جادوگری انتخاب میشود.
هری پاتر دومين سال تحصيلی‌اش را در مدرسه جادوگری هاگوارتز شروع میکند اما يک موجود اسرار آميز در مدرسه در کمين اوست. صداهای شيطانی از ديوارها بگوش می‌رسند و حوادث وحشتناکی در هاگوارتز اتفاق می‌افتد.
در سال ۱۹۹۵ «مارتی مک فلای» یک نامه از دوست خود «دکتر امت براون» دریافت میکند، و محتویات نامه به مارتی کمک میکند که ماشین زمان را پیدا کند. مارتی با استفاده از ماشین زمان به غرب قدیم میرود و توجه میشود که دوستش به دست ارازل و اوباش افتاده است و ...
یک ستاره شناس به اسم دکتر «النور آروی» (جودی فاستر) یکسری امواج هوشمند را که از اعماق فضا منتشر شده اند کشف می کند. او و دانشمندان گروهش پیغامها را کشف رمز می کنند و سپس جزئیات نقشه ساخت یک دستگاه برای برقراری ارتباط با این موجودات بیگانه فضایی را تهیه می کنند.
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
با همسری بیمار، پدری گرفتار یک هوش مصنوعی واقعی را به خانه می‌آورد - فقط اینکه متاسفانه این کمک جدید خودآگاه، همه چیزهایی را که خانواده جدیدش ارائه می‌دهد، مانند محبت صاحبش، را می‌خواهد. و او برای به دست آوردن آن، حاضر است دست به قتل بزند.
صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.