مردم فقیر یک دهکده که مدام توسط راهزن‌ها مورد هجوم قرار می‌گیرند، از یک سامورایی درخواست کمک می‌کنند. او ۶ سامورایی دیگر را جمع می‌کند و آن‌ها به مردم دهکده می‌آموزند که چطور از خودشان دفاع کنند و در ازای آن، مردم روزانه سه وعده غذایی مختصر به آن‌ها می‌دهند. فیلم زمانی به اوج خود می‌رسد که ۴۰ راهزن به دهکده حمله می‌کنند و ...

توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانه‌ای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شب‌ها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگی‌اش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانه‌ای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد. مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند، یک سرزمین بایر و ویران، جایی که ذهن اکثر انسان‌ها توسط گونه‌ای از ماشین‌ها، در ماتریکس اسیر شده‌ است. اکنون نئو باید بعنوان یک شورشی در دنیای ماشین‌ها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند، ابر برنامه‌های قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام شورش انسانی را سرکوب کنند.

عروس آدم کش به راهش برای انتقام گیری از رئیس سابقش «بیل»، ادامه میدهد. دو عضو باقی مانده از گروهی که چهار سال پیش به او خیانت کردند، هدف های جدید او هستند.

یک سایبورگ که مدت ها غیرفعال شده بود بار دیگر به زندگی باز میگردد ولی چیزی از گذشته به یاد ندارد و تصمیم میگیرد که دریابد در گذشته چه اتفاقاتی برایش افتاده است.

نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.

صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.