در فیلم «نابودگر ۲: روز رستاخیز» باری دیگر یک شکارچی از زمان آینده، برای شکار جان کارنر به زمان فعل می آید. از زمان هولوکاست اتمی سال ۱۹۹۷ توسط ماشین ها و علیه انسان ها، تنها یک مرد باقی مانده که می تواند در وضعیت بحرانی انسان ها تغییری به وجود آورد و او کسی نیست جز جان کارنر که در این فیلم یک نوجوان بیشتر نیست اما قرار است در آینده و پس از فاجعه مذکور، رهبری انسان های باقی مانده در برابر ماشین ها را عهده دار باشد.
لیون اسکات کندی و کلیر ردفیلد، هفت سال بعد از وقایع راکون سیتی دوباره در یک فرودگاه با یک‌دیگر روبرو می‌شوند و باید در مدت ۴ ساعت خطر حمله بیوتروریستی به وقوع پیوسته در فرودگاه را خنثی نمایند…
بیشتر موجودات کره زمین مرده‌اند و بازماندگان هم بخاطر تهاجم موجودات ناشناخته مجبور هستند که در شهرهای حفاظت شده زندگی کنند. زمین تقریبا تبدیل به یک ویرانه شده و مورد هجوم موجودات بیگانه‌ای قرار گرفته است که بوسیله‌ی یک شهاب سنگ به زمین آمدند و برای همه موجودات سیاره یک خطر بزرگ محسوب می‌شوند. آکی راس تلاش می‌کند به دکتر سید و کاپیتان گری ادوارد و گروهش کمک کند تا بصورت غیر نظامی از شر این موجودات ناشناخته خلاص شوند اما…
از زمانی که کانر توانست با کمک نابودگر از دست روبات جیوه ای جان سالم بدر ببرد ۱۰ سال می گذرد او هم اکنون ۲۵ سال دارد مادر او کشته شده و او تنها زندگی می کند ، کانر زندگی سختی دارد نه خانه ای و نه کاری .تی ایکس پیشرفته ترین روبات انسان پا به کره زمین می گذارد و قصد دارد با کشتن جان کانر زمین را از بین ببرد ، کانر قرار است در آینده فرمانده نیروهای زمینی شود که بر علیه روبات ها به جنگ می پردازند .نابودگر به زمین باز می گردد و این بار قصد دارد به هر طریق ممکن جان کانر را از مرگ نجات دهد در این بین جان کانر با دختری که سالها پیش با او همکلاسی بوده آشنا می شود آنها قرار است بعد ها با هم ازدواج کنند . نابودگر بعد از دشواری زیاد تی ایس را از بین می برد و خود نیز ار بین می رود . جان کانر همراه دوست دختر خود به پناهگاهی می روند که سالها پیش برای جنگهای اتمی درست شده است . در این هنگام روباتها به سیستم اتمی جهان نفوذ کرده و جنگ اتمی را آغاز می کنند.