Zatiaľ čo posledné epizódy seriálu sledovali výhradne vnútorné myšlienkové pochody hlavného hrdinu. End of Evangelion rozpráva príbeh o tom, čo sa dialo vonku, k čomu sa celý seriál schyľoval. Mladý Ikari Shinji naposledy usadne do mohutného stroja - Evangelionu, aby čelil poslednému kroku v evolúcií ľudstva. Prijme ho alebo sa postaví na odpor?
Neďaleká budúcnosť. Svet, ako ho poznáme, už neexistuje. Mladý Todd Hewitt vyrastá na kolonizovanej planéte Nový svet, kde vládne desivá realita, ženy vymreli a boli zlikvidované energiou nekonečného prúdu myšlienok, slov a zvukov zvaným Hluk. Zatiaľ čo starosta David Prentiss riadi mesto Prentisstown vo vojenskom režime a jeho syn Davy plní otcove rozkazy ako vojak jeho armády, Todd vyrastá v starostlivosti svojich adoptívnych otcov Bena Moora a Cilliana Boyda. Keď však Todd objaví v džungli miesto, kde nie je počuť Hluk, otcovia mu poradia, aby sa dal na útek. Pri návrate z bažín však mladík stretne samotný zdroj šokujúceho ticha, kozmonautku Violu Eadeovú, ktorá na tejto planéte havarovala s vesmírnou loďou. Je to prvá žena, ktorú v živote vidí, a zdá sa, že práve ona bude kľúčom k zmene súčasného svetového poriadku.
Postapokalyptická budúcnosť roku 2013. Celá Amerika zje ničená vojnami, katastrofami a morom. Zvyšok ľudí žije v osadách podobných tým z čias Divokého Západu. Spustošenou krajinou blúdi tulák Kevin Costner, ktorý je jedného dňa zajatý oddielom samozvaného generála Betlehema. Podarí sa mu utiecť a pri úteku sa náhodou oblečie do poštárskej uniformy. S cieľom zostať na žive tvrdí, že je skutočným poštárom obnovenej vlády Spojených štátov. A ľudia mu uveria, pretože im pomôže vykresať nádej.
Píše sa rok 2074 a spoločnosť Pinwheel Robotics práve vytvorila nový druh kyborga - ženu, ktorá sa svojimi schopnosťami takmer vyrovná ľuďom a svojou krásou ich určite prekoná. Málokto vie, že v skutočnosti bol kyborg menom Cash vytvorený, aby slúžil ako smrtiaca a ničivá zbraň. Veci sa však zmenia, keď sa Cash zamiluje do učiteľa bojových umení, ktorý pracuje pre Pinwheel. Títo dvaja spolu utečú a v spolupráci s ďalším odpadlíkom Kyborgom musia splniť neľahkú úlohu - zničiť továreň na Kyborgov skôr, než bude ľudská rasa raz a navždy zotročená.