Ένας χάκερ ανακαλύπτει ότι ο κόσμος γύρω του αποτελεί μια προσομοίωση της πραγματικότητας. Η ανθρωπότητα, εν αγνοία της, συντελεί στον ίδιο της τον αφανισμό, εκτός αν βρεθεί κάποιος να την αφυπνίσει.
Έπειτα από μακελειό στην εκκλησία, τη μέρα του γάμου της, μια γυναίκα πέφτει σε κώμα. Ξυπνά έπειτα από πολλά χρόνια και αρχίζει να αναζητά τον Μπιλ, εκείνον που διέταξε τη σφαγή. Στο δρόμο της στέκονται εμπόδιο μπράβοι και πληρωμένοι δολοφόνοι.
Ο Μπρους σε μικρή ηλικία βλέπει τη δολοφονία των γονιών του και ορκίζεται να πάρει εκδίκηση. Μεγαλώνοντας ταξιδεύει σε διάφορες χώρες με στόχο να νικήσει τους εσωτερικούς του δαίμονες και να εκπαιδευτεί στην αποκρυπτογράφηση και την αντιμετώπιση εγκληματιών. Όταν επιστρέφει στην πόλη του, την Γκόθαμ Σίτι, αποφασίζει να πολεμήσει το οργανωμένο έγκλημα που αναπτύσσεται ραγδαία. Στο πλευρό του βρίσκονται ο έντιμος αστυνομικός Τζιμ Γκόρντον και η βοηθός εισαγγελέα Ρέιτσελ Ντος. Ο πιστός υπηρέτης του, ο Άλφρεντ, και ο Λούσιος Φοξ, ένας μέτοχος της εταιρείας του, της Wayne Enteprises, τον ωθούν να υιοθετήσει μια μορφή που θα συμβολίζει τη δύναμη του καλού και θα τον βοηθάει να φιλτράρει τον πόνο, το θυμό και τις φοβίες του. Έτσι δημιουργείται το alter-ego του, ο Μπάτμαν.
Έχοντας αγανακτήσει από τις συνεχείς επισκέψεις ληστών, οι οποίοι τους στερούν όλα σχεδόν τα αγαθά, οι κάτοικοι ενός μεξικανικού χωριού αποφασίζουν να ζητήσουν προστασία. Τρεις από αυτούς ταξιδεύουν σε κοντινή πόλη των συνόρων και επιστρέφουν με επτά πιστολέρο, που δέχονται να τους βοηθήσουν. Το σενάριο της ταινίας είναι βασισμένο στην ταινία του Ακίρα Κουροσάβα "Οι 7 Σαμουράι"
Κίνα, 3ος αιώνας π.Χ.. Ο ισχυρός βασιλιάς του Κιν φιλοδοξεί να υποτάξει τα έξι αντίπαλα βασίλεια και να γίνει αυτοκράτορας μιας ενιαίας χώρας. Πολλοί επιχειρούν να τον δολοφονήσουν. Ένας πολεμιστής εμφανίζεται και ισχυρίζεται ότι σκότωσε τους τρεις πιο επικίνδυνους από τους επίδοξους δολοφόνους, αλλά ο μονάρχης έχει λόγους να αμφισβητεί τα λεγόμενά του.
Στην Κίνα του 19ου αιώνα, ο πολεμιστής Λι Μου Μπάι, κρυφά ερωτευμένος με την αρραβωνιαστικιά ενός νεκρού φίλου του, αναζητά το δράστη της κλοπής ενός μυθικού σπαθιού. Οι υποψίες του στρέφονται στην κόρη του κυβερνήτη, η οποία, θέλοντας να ξεφύγει από τη μοίρα της, έχει εκπαιδευτεί κρυφά στα μυστικά των πολεμικών τεχνών των Σαολίν.
O Νίο, ο Μορφέας, και η Τρίνιτυ μας «ξυπνάνε» μέσα στον αφόρητα πραγματικό και σκοτεινό κόσμο του Μάτριξ. Αποστολή του Νίο είναι, να σώσει σε 72 μόλις ώρες την Ζάιον, την τελευταία ελεύθερη πόλη, από ένα στρατό 250.000 φονικών μηχανών που απειλεί να την καταστρέψει. Σε αντίθετη περίπτωση το ανθρώπινο γένος θα εξαφανιστεί από προσώπου Γης. Οι κάτοικοί της ωστόσο, ενθαρρυμένοι από την πεποίθηση του Μορφέα ότι η προφητεία θα εκπληρωθεί και ο πόλεμος με τις μηχανές θα λάβει τέλος, χάρη στον «εκλεκτό» που είναι ο Νίο, εναποθέτουν όλες τις ελπίδες τους σ΄ αυτόν. Ο Νίο όμως, βασανίζεται από τρομακτικούς εφιάλτες που αφορούν τη ζωή της αγαπημένης του Τρίνιτυ.
Ο Νίο έχει παγιδευτεί στον «Σιδηροδρομικό Σταθμό», μια διάσταση κάπου ανάμεσα στο Μάτριξ και τον πραγματικό κόσμο. Ο Μορφέας, η Τρίνιτι και ο Σέραφ οργανώνουν την επιχείρηση διάσωσής του ζητώντας τη βοήθεια του Μεροβίγγιου. Εντωμεταξύ οι στρατιές των Μηχανών κατευθύνονται προς την Ζάιον, το τελευταίο οχυρό της ανθρώπινης αντίστασης ενάντια στην κυριαρχία τους. Όμως δεν έχουν ακόμη αντιληφθεί πως κάποιος έχει αποκτήσει τον έλεγχο του Μάτριξ με σκοπό να καταστρέψει τα πάντα: ο κύριος Σμιθ! Ενώ η Ζάιον αντιστέκεται σθεναρά στις καταιγιστικές επιθέσεις των Μηχανών, ο Νίο καταδύεται στα άδυτα του Μάτριξ σε μια ύστατη προσπάθεια να έρθει αντιμέτωπος με τον Σμιθ και να ματαιώσει τα σχέδιά του.