Strani avvenimenti accadono al largo delle coste del Giappone: alcune navi esplodono e affondano senza apparente motivo. L’epicentro del fenomeno sembra essere nell’isola di Odo. Una notte, qualcosa emerge dall’acqua e semina morte e terrore sull’isola. Una spedizione scopre il responsabile di tutto questo: Godzilla, un gigantesco essere preistorico, che comincia a distruggere alla luce del sole, puntando direttamente al cuore del Giappone.

L'impresario Kumayama esibisce alla curiosità della gente un gigantesco uovo rivenuto da alcuni pescatori sulla spiaggia di un'isola dopo una violenta tempesta. Egli non sa che l'uovo è sacro per gli abitanti della favolosa Infant Island, esseri di piccolissime dimensioni che venerano la dea falena Mothra e che guardano con ostilità gli uomini, colpevoli, tra l'altro, di inquinare l'ambiente con gli esperimenti atomici. Quando le Sobijin, due fate gemelle, vengono da Infant Island a reclamare l'uovo, Kumayama pensa di aggiungere anche loro alla sua attrazione e tenta di catturarle. Riuscite a fuggire e trovato rifugio in una foresta, diventano amiche di due giornalisti e di uno scienziato "buono" che stanno organizzando un servizio fotografico. Gli uomini promettono di aiutare le due piccole straniere, ma quando stanno per tornare in città scorgono l'immensa mole di Godzilla: il mostro atomico...

New York, 1933. Durante la Grande Depressione la fame di fama conduce una troupe cinematografica su un'isola misteriosa per girare un film spettacolare e avventuroso. A bordo della Venture salpano Carl Denham, regista ambizioso, Ann Darrow, un'attrice esordiente e Jack Driscoll, un drammaturgo intellettuale prestato al cinema. Durante una tempesta la nave si incaglia sugli scogli dell'Isola del Teschio, una terra fuori da ogni mappa e governata da un colossale scimmione, Kong, a cui viene offerta in sacrificio la bella Ann. Gli uomini della Venture, nel tentativo di salvare la fanciulla, cattureranno Kong e lo "trasferiranno" a Manhattan per esibirlo come fenomeno da fiera. Ma Re Kong spezzerà le catene e scalerà l'Empire State Building ghermendo di nuovo la bella dai capelli d'oro.

Mr. Tako, presidente di un'industria farmaceutica giapponese, viene a sapere dell'esistenza di una sorta di grossa bacca che cresce sull'isola di Farou e che avrebbe effetti curativi miracolosi. Non solo: pare anche che i nativi adorino un enorme scimmione chiamato King Kong, che nella mente perversa di Tako appare già come il testimonial ideale per i suoi prodotti. Trasferito a Tokyo, King Kong dovrà vedersela col mostro Godzilla, riportato accidentalmente in vita da un cataclisma...

Il governo giapponese è riuscito a confinare sull'isola Ogasawara tutti i kaiju del pianeta (Godzilla, Rodan, Angilas, Mothra, Gorosaurus, Baragon, Kumonga, Manda, Varan e Minilla), sorvegliati da un gruppo di studiosi e trattenuti da una serie di misure di sicurezza. Improvvisamente, un gas giallo invade l'isola, addormentando uomini e mostri. Subito dopo, i mostri riappaiono in varie metropoli mondiali, devastandole...

Seconda guerra mondiale. In Germania alcuni scienziati hanno ideato un progetto per creare una sorta di superuomo da usare contro gli eserciti nemici. Tuttavia il progetto viene rubato dai giapponesi e diversi anni dopo iniziano a crearlo. Per un errore, i pezzi con il quale costruiscono la creatura vengono colpiti dalle radiazioni e le parti si assemblano componendo Il mostro di Frankenstein che, per via della mutazione, cresce a dismisura. Nel frattempo degli archeologi scoprono in un tempio maledetto l'esistenza di un gigantesco mostro, Baragon, che inizia ad attaccare il Giappone. I giapponesi vorrebbero inizialmente distruggere la creatura di Frankenstein, ma poi optano per un'altra soluzione: farlo combattere contro Baragon per sconfiggerlo. La creatura scappa e si incrocia con Baragon: vi è uno scontro violento tra i due nel quale Frankenstein sconfigge Baragon, ma alla fine i due cadono in una crepa finendo a mare.

Un mostro di enormi dimensioni, Katango, emerge dalle acque delle coste giapponesi con l'obbiettivo di distruggere Tokyo. L'esercito impegna tutte le sue forze per abbatterlo, ma anche i più moderni mezzi non hanno effetto: il mostro ha la capacità di rigenerarsi. Quando tutto sembra perduto, un'altra creatura, uguale a Katango tranne che nel colore, interviene prontamente a difesa degli esseri umani.

Il giovane Ryota non si rassegna alla scomparsa del fratello Yata, dato per disperso dopo una tempesta. Va a cercarlo con una barca, che a causa di una tempesta fa naufragio su un'isola. Qui Ryota scopre che l'organizzazione dei Bamboo Rossi tiene in schiavitù gli abitanti di Infant Island e per tenere lontani i curiosi dall'isola, usano un mostro: Ebirah, un astice gigantesco. Ryota allora raggiunge Infant Island e si ricongiunge con Yata, salvato dagli isolani. I due fratelli trovano sull'isola Godzilla in una sorta di letargo. Decidono per aiutare gli isolani, di risvegliarlo (piantandoli una sciabola nella schiena che viene colpita da un fulmine) per combattere Ebirah e i Bamboo Rossi...

In attesa di soccorsi su un'isola deserta, due uomini assistono al combattimento tra Godzilla e un altro mostro preistorico. I due uomini fanno giusto in tempo a fotografare le due creature prima che precipitino in mare. Le foto vengono consegnate al professor Yamane, che riconosce nell'avversario di Godzilla un Anchilosauro probabilmente mutato anch'esso dalle radiazioni, che viene battezzato Angilas. I due mostri riemergono ad Osaka, trasformandola in un campo di battaglia sotto i colpi dell'esercito...