המכונות שאחראיות על המטריקס שמו על הכוונת את ציון, המוצב האחרון שנמצא בשליטת בני האדם. עכשיו הצוות חייב להגן עליו.
גוֹן וקילוּאָה לוקחים פסק זמן מהרפתקאותיהם עם קָייט על מנת לבקר בטורניר הקרבות. הם שם כדי לעודד את זוּשי הלוקח חלק בקרבות. עוד נוכחים: ווינג, ביסקוויט, לאוריוֹ ו...קוּרפּיקָה. ברגע שמתחילה התחרות, מחליטים גון וקילואה לצאת להגיד שלום לאייזק נטרו, יושב ראש אגודת ההאנטרים. דקות לתוך התחרות, קורה אסון: עשרות חובשי מסכות חמושים פולשים אל הבניין, אוטמים את כל היציאות וכולאים את יצחק בעזרת כֹח רב עוצמה. גון, קילואה, לאוריו וקורפיקה הם היחידים בעלי יכולת תנועה במתחם. כעת מוכרחים הארבעה להציל מאות של נפשות בטרם יהיה מאוחר מדי.
הסרט האחרון בטרילוגיית המטריקס מוצא את ניו חסר ההכרה לכוד בתחנת רכבת תחתית באזור שממוקם בין המטריקס לבין עולם המכונות.
הרובוט "מספר 5", אחד מסדרה של מכונות ניסוי של צבא ארה"ב, עובר שינוי קיצוני לאחר שמוכה ע"י ברק - הוא מפתח מודעות עצמית, אישיות משל עצמו, ופחד שמא יישלח למפעל לפירוק ותכנות מחדש. מפגש עם סטפני (אלי שידי), בחורה צעירה ורגישה, מפתחת מערכת יחסים חד פעמית, שונה ומפתיעה.
בעולם אחר שבו ים השלג ממשיך להתרחב... האנשים בקושי שורדים בצמרות המתפרסת מעצי ענק הנקראים עצי מסלול החנית. כשקאינה, ילד מהצמרות, פוגש את ריריה, נסיכת המים והשלג, מתחיל מסעם לשנות עולם המתקדם לקראת הרס.