Godina je 2029. i nakon III. i IV. svjetskog rata Azijski blok dominira svijetom. Taj savez azijskih država, predvođenih Japanom, održava svoju moć zahvaljujući elitnim kibernetičkim agentima koji mogu "downloadati" svoju svijest u druge mašine. Motoko Kusanagai jedna od tih specijalnih agenta i pred njom je najvažnija misija njene karijere.
U napuštenom Tokiju preplavljenom mjehurićima i punom gravitacijskih anomalija jedan nadareni mladić doživi sudbonosni susret s tajanstvenom djevojkom.