Enquanto trabalham numa instalação subterrânea para reparar uma conduta de água, os canalizadores naturais de Brooklyn Mario e o seu irmão Luigi são transportados através de um tubo misterioso para um novo mundo mágico. Mas quando os irmãos são separados, Mario embarca numa missão épica para se reencontrar com o irmão com a ajuda de Princesa Peach e Toad.

O palco é uma ilha remota, numa certa escola básica e na véspera de um festival cultural. Azuma, um jovem rapaz, desiste de jogar basebol, desporto que joga desde sempre, e tem um desentendimento com o seu melhor amigo, Saijou. Tanto o Azuma como o Saijou deparam-se com uma rapariga misteriosa ao mesmo tempo que uma enorme tempestade atinge o centro da cidade. Agora, Azuma e Saijou terão de resolver os seus problemas e tentar salvar a rapariga misteriosa e o próprio planeta.