Sõjaeelses Itaalia väikelinnas põrkab kukerpallitava fantaasiaga juudi raamatukaupmehe seikluslik armastuslugu kokku selle sajandi suurima hävituslooga. Mees viiakse koos väikese pojaga koonduslaagrisse just poisi sünnipäeval. Et mitte alla anda, mitte uppuda käsitamatus ebainimlikus hiigellaines, et anda lapsele mingigi elusädet alal hoidev stiimul, sisendab isa pojale, et kogu lugu on vaid mäng, kus vastupidamise eest antakse punkte - varsti-varsti lõpebki, pea vastu, meie juhime edetabelit!
Martin Brody on uus politseiülem Amitys, puhkusesaarel Uus-Inglismaa kandis. Ühel hommikul leitakse rannalt tüdruku surnukeha. Ekspertiis näitab, et tegemist võib olla hairünnakuga. Peale uusi rünnakuid otsustab Brody koos kahe sõbraga ujuv elukas ülesse otsida ja see tappa.
Meie ajastu 33. aasta. Rooma provintsis Judea hakkab salapärane puusepp nimega Jeesus Naatsaretlane kuulutama "Jumala kuningriigi" saabumist ja ümbritseb end alandlike kalurite rühmaga: apostlitega. Juudid on sajandeid oodanud Messia tulekut - ilmutuslikku kuju, kes vabastaks oma püha kodumaa ja kehtestaks uue õiglusel põhineva korra. Jeesuse õpetused meelitavad kohale suure hulga järgijaid, kes tunnevad Teda Messiana. Olukorrast ärevuses arreteerib Sanhedrin ühe kaheteistkümnest apostlist Juudas Iskarioti abiga Jeesuse. Rooma-vastases riigireetmises süüdistatuna antakse Kristus Pontius Pilaatusele, kes mõistab rahutuse vältimiseks tavalise kurjategijana ristil surma.
On aasta 1972. Selle aasta olümpiamängud toimusid Münchenis - Lõuna Saksamaa keskuses. Aga need mängud läksid ajalukku millegi muu, kui sportlike tulemuste poolest. Palestiina terroristliku organisatsiooni "Must september" liikmed võtsid pantvangi 11 Iisraeli delegatsiooni liiget. Keegi neist ei pääsenud eluga. Pärast neid traagilisi sündmusi otsustab Iisraeli valitsus kavandada ulatusliku salaoperatsiooni, et karistatud saaksid kõik asjaosalised. Film põhineb tõsielulistel sündmustel.
Masinad palaanivad rünnata Zeoni, ainukest linna, kus on veel inimesi. Matrixisse ilmub tagasi eelmises osas hävitatud programm Smith (Hugo Weaving), mis on leidnud võimaluse ennast paljundada.