Prošlost Jason Bournea vraća se po njega. U drugom dijelu sage o tri filma koja se temelji na životu Jason Bournea, bivšeg CIA-inog agenta koji gubi pamćenje i dok se bori da ga oporavi i otkrije tko je on, našao se uključen u mrežu špijunaže i vladine manipulacije od strane Sjedinjenih Država gdje će ga progoniti profesionalni ubojice, paravojni plaćenici i bivši CIA-ini drugovi. Film započinje u Goi u Indiji, gdje su Jason i Marie otišli živjeti da bi se sakrili od Treadstonea, ali tamo ima bivšu tvrtku agent ih locira i progoni. Jason Bourne započinje svoju avanturu da otkrije svoju prošlost sjećanjem se dijela toga i progoni agenta koji se također predstavlja kao on.

Godina je 2019. Lincoln Six Echo (E. McGregor) živi u strogo čuvanoj izolaciji, zajedno sa stotinama drugih izabranika, koji su - tako im kažu - spašeni od zaraze nakon katastrofe koja je pogodila planet. Lincolna muče noćne more, nezadovoljan je istom bojom odjeće koju nosi svaki dan, te se zbog toga žali upravitelju, dr. Merricku (S. Bean). Dr. Merrick je sumnjičav i odluči još strože nadzirati Lincolna, koji izaziva dodatnu pozornost čuvara druženjem s privlačnom djevojkom Jordan Two-Delta. San svakog člana te zajednice je dobiti na lutriji izlet na otok i iskustvo uživanja u ljepotama prave prirode. Kad Jordan dobije nagradu na lutriji, Lincoln otkriva da oni ne idu na otok već ih ubiju i uzmu im dijelove tijela. Lincoln uspije spasiti Jordan od smrti i s njom pobjeći. Dr. Merick unajmi vojnog specijalca Alberta Laurenta (D. Hounsou) da ih vrati u njihov centar, odnosno, ako u tome ne uspije, jednostavne ubije.