Etorkizun urrunean, apokalispsiaren mila urte beranduago, Lurraren zati handi bat "Fukai" izeneko baso batez estalita dago. Baso horrek pozoia aireratzen du eta intsektu erraldoiez josia dago. Gizakia gainbeheran dago, herri asko izan dira irentsiak Fukaiarengatik eta bizirik jarraitzen direnek gogor lan egin behar dute bizirauteko. Nausicaä, Haize Haraneko printzesa da, erreinu oso txiki bat. Ontziak bikain pilotatzen dituen eta intsektuak etsaitzat hartzen ez dituen neska.
1936. urtea. Indiana Jones arkeologia irakaslea da, eta abentura arriskutsuak bizitzeko prest dago altxor historikoak lortzeko. Estatu Batuetako gobernuak Itun Arka galdu bat bilatzeko eskatzen dio, kondairak dionez mugagabeko boterea ematen omen du berau lortzen duenak, eta hori dela eta naziekin egingo du topo bilaketa horretan.
Hirugarren film honetan protagonistaren aita (hau ere arkeologoa) bahitu egiten dute Grial Santua bilatzen ari zen bitartean. Indiana Jonesek misio bikoitza dauka beraz: aita erreskatatzea eta Grial Santua aurkitzen saiatzea.
1935. Shanghai. Indiana Jones arkeologo ausartak hiriko taberna batean liskar larriak eduki ondoren, ihes egitea lortzen du bertako abeslari batekin eta honen lagun gaztearekin. Hegaldi zoro baten ondoren, Indian bukatuko dute eta bertako herrixka bateko biztanleei laguntzea erabakiko dute.