Itaalia kalalaeva meeskond päästab amneesiaki, kui see ujub merel. Tal ei ole identiteeti ega minevikku, kuid tal on terve rida erakordseid andeid keele-, võitlus- ja enesekaitsekunstis, mis viitavad riskikutsele. Segaduses ja segaduses teeb ta meeletu otsingu, et teada saada, kes ta on ja miks on tema elu võtnud sellise ohtliku pöörde.
Mälukaotusega tippagendi Jason Bourne'i (Matt Damon) meeletud seiklused jätkuvad. Seekordses filmis üritab ta lõplikult jälile saada enda mineviku varjatud saladustele, kuid takistusi on palju. Teda jahivad politseinikud, CIA ja Interpol, kes soovivad kõik teda rajalt maha võtta - pingeline ajujaht kestab algusest lõpuni!
Jason Bourne'i minevik tuleb tema jaoks tagasi. Kolme filmi saaga teises osas, mis põhineb Jason Bourne'il, endisel CIA agendil, kes kaotab mälu ja kui ta üritab seda taastada ja teada saada, kes ta tegelikult on, satub ta spionaaživõrku ja valitsuse manipuleerimine Ameerika Ühendriikide poolt, kus teda jälitavad kutselised tapjad, poolsõjaväelised palgasõdurid ja endised CIA seltsimehed. Film algab Indias Goa osariigis, kus Jason ja Marie on läinud elama Treadstone'i eest peitu, kuid seal asub ka endine ettevõte agent otsib ja jälitab neid ning jälitab neid. Jason Bourne alustab oma seiklust oma mineviku avastamisega, mäletades osa sellest ja jälitades esindajat, kes samuti poseerib temana.
Raccoon City elanikkonnast on vabastatud surmav viirus. Alice (Milla Jovovitš), üks biokeemilises katastroofis ellujäänutest, asub selle laastatud linna südames. Pärast tema geneetikat muutnud eksperimente on tal nüüd üliinimlikku jõudu, meeli ja osavust. Need ja muud oskused on need, mida peab kasutama see, kes soovib selles uues seikluses ellu jääda. Koos teiste ellujäänutega peab ta põgenema üha ohtlikuma Raccoon City eest. Oma eesmärgi saavutamiseks peavad nad võitlema Umbrella Corporationi jõudude, nende laborites loodud vägivaldsete biotehniliste olendite, linna vaevavate zombidega ja lõpuks nende loomingu kõige kolossaalsema ja surmavamaga: Nemesis.