Πρόκειται για τις κωμικές περιπέτειες ενός ντροπαλού αγοριού που εγκαταλείπεται στο κατώφλι ενός ζευγαριού απρόθυμων και εκκεντρικών ηλικιωμένων, των οποίων οι εξωτικές αναμνήσεις ξυπνούν το πνεύμα του μικρού και αναζωπυρώνουν τις ζωές των ίδιων.
Το λιοντάρι Άλεξ, η ζέβρα Μάρτι, η καμηλοπάρδαλη Μέλμαν, ο ιπποπόταμος Γκλόρια και τρεις... πιγκουίνοι, ενώ έχουν ζήσει όλοι τους τη ζωή σε ένα ζωολογικό κήπο, κατά λάθος αποβιβάζονται στα παράλια της Μαδαγασκάρης. Εκεί, θα διαπιστώσουν ότι η ζωή στην άγρια φύση δεν είναι καθόλου εύκολη, ακόμα και για τα πιο... άγρια ζώα!
Ο Τιμόν κι ο Πούμπα κάθονται να δουν τον πρώτο Βασιλιά των Λιονταριών και παρατηρούν πως παίζουν μονάχα λίγο στη μέση. Ο Πούμπα προτείνει να δείξουν την ιστορία από την αρχή, αλλά από την δική τους μεριά, πριν καν ξεκινήσει το ταξίδι του ο Σίμπα. Έτσι, πάμε στην εποχή που ο Τιμόν αναγκάστηκε να αφήσει την αποικία του, έμαθε περί Χακούνα Ματάτα και, φυσικά, γνώρισε τον Πούμπα.
Λόγω χρόνιας κακοτυχίας κι εργασιών που δεν οδηγούν πουθενά, ο Τζον πείθει τον κολλητό του, Ράσελ, να καταταγούν στον στρατό, κυρίως για να διατηρούνται σε φόρμα. Πηγαίνοντας εκεί, βρίσκονται σε μια κατασκήνωση μέσα στη φύση κι ο Τζον καταφέρνει να γίνει ο ανεπίσημος ομαδάρχης της διμοιρίας, η οποία αποτελείται κυρίως από «χαμένους» τύπους.
Πού τους είχαμε αφήσει λίγα χρόνια πριν; Μα πού αλλού…; Στη Μαδαγασκάρη… απ' όπου προσπαθούν τώρα να φύγουν ώστε να επιστρέψουν στην "πατρίδα" τους, τη Νέα Υόρκη! Το αεροπλάνο είναι έτοιμο προς απογείωση (όσο έτοιμο μπορεί να είναι ένα αεροπλάνο που έχουν επισκευάσει… πιγκουίνοι) και έπειτα από λίγα μίλια πτήσης, προσγειώνεται, με συνοπτικές διαδικασίες, στη μέση του πουθενά… δηλαδή της Αφρικής! Εκεί, καθένας από τους πρωταγωνιστές μας βρίσκει όλο και κάποιο δικό του, αλλά και πάλι…μπορεί η Αφρική να συγκριθεί με το "σπιτικό" τους στη Νέα Υόρκη;
Ο Ανδροκλής, παρότι βρίσκεται στα χρόνια της Ρωμαϊκής κυριαρχίας, είναι χριστιανός κι εφαρμόζει τα διδάγματα της θρησκείας του ακόμα και στα ζώα. Όταν βγάζει ένα μεγάλο αγκάθι από το πέλμα ενός λιονταριού, αναπτύσσεται μια παράξενη φιλία μεταξύ τους. Ο Ανδροκλής μαζί με άλλους χριστιανούς τελικά συλλαμβάνεται και οδηγείται στην αρένα προς θάνατο, για να φαγωθούν από τα λιοντάρια. Θα καταφέρει η φιλία να υπερισχύσει των άγριων ενστίκτων του φίλου-λιονταριού που βρίσκεται κι αυτό στην αρένα;
Ο Τζορτζ, ένας γκαφατζής Ταρζάν που τον μεγάλωσαν οι πίθηκοι, γνωρίζει την όμορφη εξερευνήτρια Ούρσουλα και ταξιδεύει μαζί της στον πολιτισμένο κόσμο.
Για άλλη μια φορά, η μυστηριώδης Μάϊνα χοροπηδάει με ρυθμό στην κυνηγετική αποστολή του Ίνκι για λιοντάρια. Αυτή τη φορά το μικρό μαύρο πτηνό έχει έναν νέο τρόπο να εξαφανιστεί αψηφώντας την πραγματικότητα: πηδάει μέσα σε μια στοίβα άχυρα, η οποία σταδιακά συρρικνώνεται σε ένα μόνο καλάμι, το οποίο εξαφανίζεται.