Der Pilotin Mari gelingt es mit EVA 05, den 3. Engel in der NERV-Außenstelle Bethania zu besiegen. In der Zwischenzeit kommen Asuka und EVA 02 in Japan an und zerstören den 7. Engel. Doch der 8. Engel nähert sich bereits aus dem Weltall und greift das NERV-Hauptquartier an. Nur durch die Zusammenarbeit der drei Children gelingt es, ihn in letzter Sekunde zu stoppen. Als die EVA-Einheit 03 nach Japan gebracht wird, um dort mit Asuka die erste Aktivierung zu durchlaufen, stellt sich heraus, dass die Einheit vom 9. Engel übernommen wurde. Shinji soll die außer Kontrolle geratene EVA-Einheit zerstören, weigert sich jedoch, weil er Asuka nicht gefährden will. Sein Vater Gendo aktiviert daraufhin das Dummy-Plug-System und der ferngesteuerte Kampf gegen EVA 03 beginnt ...

Zunächst scheint es für den zehnjährigen Ben Tennyson ein ganz normaler Tag zu werden: Er verwandelt sich in einen Alien-Helden, bringt den Bösewicht zur Strecke und stellt in der Welt das Gleichgewicht von Gut und Böse wieder her. Doch als Ben aus Versehen den Countdown zur Explosion der Omnitrix aktiviert, verwandelt sich der ganz normale Tag in einen Wettlauf gegen die Zeit: In er gesamten Galaxis sucht er nach dem Erbauer der Omnitrix, bevor sie das gesamte Sonnensystem vollständig vernichtet!

Ein gewaltiger Meteorit stürzt auf die Erde, irgendwo in den Bergen Japans. Was kein Mensch ahnt: in ihm befindet sich das Weltraum-Ungeheuer King Ghidorah. Kurze Zeit später macht sich der drei-köpfige Drache auf den Weg um Japan zu vernichten. Auch Godzilla und Rodan sind wieder erwacht und kämpfen gegeneinander ohne Rücksicht auf Verluste. Erst Mothra überzeugt beide sich zu dritt gegen Ghidorah zu stellen - die größte Monsterschlacht auf Erden beginnt...

In einer Nacht, in der es für die meisten Jugendlichen der Stadt vor allem ums Feiern geht, kommen seltsame Wesen von allen unbemerkt auf die Erde. Sie sind klein und ähneln ein wenig normalen Würmern, sind jedoch tödlich. Die Studenten bemerken sie nicht, denn sie gelangen durch den Mond ihrer Opfer in den Körper und nisten sich daraufhin im Gehirn ihrer Wirte ein. Dieses verwenden sie als Brutstätte und können so sogar Tote wieder zu vermeintlichem Leben erwecken. Als die Studenten die Gefahr bemerken, ist es bereits zu spät und so ist ihre einzige Chance, sich mit Schrotflinte und Flammenwerfer gegen die bereits infizierten Menschen zur Wehr zu setzen. Der Kampf gegen die sogenannten Creeps um die Zukunft der Menschheit beginnt.

Die stupsnasige Außenseiterin Lilo will einen Tanzwettbewerb gewinnen. Für die Choreographie holt sie sich Inspiration beim King of Rock'n'Roll: Elvis. Der chaotische, aber gutmütige Alien Stitch unterstützt seine beste Freundin wie immer nach Kräften - doch wird er immer häufiger von unkontrollierbaren Bösartigkeitsanfällen heimgesucht. Das ruft die beiden anderen außerirdischen Gäste in Lilos Haus auf den Plan. Sie versuchen Stitchs Verwandlung aufzuhalten.

Auf Grund eines Schadens muss ein UFO auf der Erde notlanden. Als Pilot ist jedoch nur eine hochintelligente und sprechende Katze an Board, die mit Hilfe ihres Halsbandes übernatürliche Fähigkeiten hat und Gegenstände bewegen oder beeinflussen kann. Sie entkommt, bevor das Militär eintrifft. Die Generäle sind in Aufruhr, Wissenschaftler untersuchen die futuristische Antriebseinheit. Doch die Katze hat nur 36 Stunden Zeit, um den Schaden zu reparieren und zurück zum Mutterschiff zu kommen, danach sitzt sie auf der Erde fest. Sie findet in dem Physiker Dr. Frank Wilson einen Freund, der sie Jake nennt. Gemeinsam wollen sie das Raumschiff reparieren, doch es wird gut bewacht und mittlerweile haben auch skrupellose Gangster mitbekommen, welche Fähigkeiten das Katzenhalsband verleiht, und versuchen dies in ihre Gewalt zu bringen, indem sie ...

Jack Caine ist der typische Tough Cop, der sich in Houston mit Rauschgiftkriminalität herumschlägt. Als eine größere Menge Heroin aus Polizeibeständen gestohlen wird und daraufhin immer mehr Überdosisopfer mit einer Wunde in der Stirn gefunden werden, die zuvor nicht süchtig waren, bekommt er einen nervigen FBI-Kollegen zugeteilt. Zusammen finden sie heraus, daß offensichtlich ein Außerirdischer auf den Straßen unterwegs ist, der mittels Heroin seine Opfer gefügig macht, um ihnen dann aus dem Gehirn einen Stoff abzuzapfen, der für ihn als Droge wirkt. Doch da ist noch ein anderes Alien auf der Jagd und so greifen die Polizisten zu geballter Feuerkraft...

Keiner will dem kleinen David glauben, als er von fremden Wesen auf der Erde berichtet. Doch als das Grauen um sich greift, scheint es fast zu spät zu sein. Die Menschen sehen aus wie zuvor, sind aber nicht mehr sie selbst. Und sie alle haben etwas gemeinsam: Eine kleine Narbe im Nacken. Die junge Ärztin Pat versucht, dem Wahnsin auf die Spur zu kommen.

Endlich Sommerferien! Die Pearson-Kids sind allerdings wenig begeistert, denn die Aussicht auf einen langweiligen Familienurlaub im idyllischen Ferienhaus senkt die Laune gewaltig. Als die Kinder auf dem Dachboden des Anwesens jedoch die kleinen außerirdischen Noobs entdecken, ist Schluss mit Langeweile.

Drei Freunde haben ein Alien gefangen, an einer Stelle in der Prärie, wo es mehr davon gibt. Sie sinnen auf Rache, denn vor Jahren brachten die Aliens den Bruder von einem der Männer um. Sie verfrachten ihre Beute zur Farm ihres Kumpels Wyatt, der schon mal für längere Zeit von Aliens entführt war und vielleicht weiß, was man tun muss. Wyatt ist alles andere als begeistert, vermutet er doch zu recht eine Falle der Fremdlinge. Tatsächlich beginnt der Gefangene, seine Häscher zu manipulieren.

Bei einem Atomexperiment in St. Louis kommt es zu einem folgenschweren Zwischenfall, der eine Reihe von Erdbeben verursacht und ein schwarzes Loch entstehen lässt. Durch die Katastrophe wird ein gigantisches Monster befreit, das sich von Elektrizität ernährt und nun auf der Suche nach Nahrung durch die Stadt streift. Schon bald herrscht unter den Bewohnern Panik ...

Im Jahr 2000 macht sich das Raumschiff Hope One auf den Weg, um neue Galaxien für die Kolonialisierung zu finden. Eine Begegnung mit einem außerirdischen Wesen und einem Schwarm Meteoriten lässt das Schiff jedoch in einer unbekannten Welt vom Kurs abkommen und in ein Meer von Monstern geraten.