A história começa na véspera de natal, onde (quase) todos os animais do zoológico comemoram a tradição natalícia. O mais jovem do pelotão, o Recruta, sente-se triste e pede para o capitão lhe oferecer um presente na qual ele o nega. O Recruta, não tendo alternativa, foge do zoo em busca do seu próprio presente. Duas horas depois os três apercebem-se de que o Recruta fugiu e partem numa enorme aventura à sua procura. É aí que toda uma intriga começa... no fim até tu vais estar a cantar uma canção de Natal!
Fate/Prototype é uma versão resumida do projecto original do Nasu (criador do anime). Isto é, esta OVA representa a história e personagens que ele ponderou usar no Fate/Stay Night.